Năm 2016, Chính phủ và các bộ ngành đã đề ra giải pháp cụ thể để ổn định kinh tế vĩ mô, kiểm soát giá cả thị trường, tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp; với các giải pháp đồng bộ ngay những ngày đầu năm Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh đã xây dựng chương trình hành động, chủ động gặp gỡ, giải quyết những vướng mắc khó khăn, tạo thuận lợi cho các doanh nghiệp, nuôi dưỡng nguồn thu.

Năm 2016, chỉ tiêu thu NSNN giao cho Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh là 102.500 tỷ đồng, tăng 9,12% so với thực hiện năm 2015 và tỷ trọng tăng từ 34,61% (năm 2015) lên 37,96% (năm 2016) so với ngành hải quan. Trong Qúy II/2016, số thu ngân sách của Cục đạt 27.200 tỷ đồng (số thu đạt kỷ lục từ trước đến nay), so với Qúy I tăng 29,5% (21.000 tỷ đồng). Thu ngân sách tính đến 30/6/2016 là 48.397,983 tỷ đồng, đạt 47,22% so với kế hoạch 102.500 tỷ đồng (tăng 7,13% tương đương 3.324 tỷ đồng so với cùng kỳ năm 2015).

Mặc dù tình hình buôn lậu, gian lận thương mại (BL, GLTM) trên địa bàn TP. Hồ Chí Minh diễn biến phức tạp do lợi dụng kẽ hở của cơ chế, chính sách, thủ tục thông thoáng. Dưới sự lãnh đạo của Cục Hải quan Thành phố, các cán bộ đã chủ động chỉ đạo xây dựng kế hoạch CBL-GLTM, phương án trọng điểm, địa bàn trọng điểm, doanh nghiệp và mặt hàng trọng điểm, rà soát hàng tồn đọng từ 30 đến 90 ngày, lập chuyên án CBL, xử lý hàng tồn đọng trên 90 ngày. Chủ động thu thập thông tin, phát hiện và bắt giữ nhiều vụ vi phạm nhập khẩu hàng cấm.