Trước đó, Tổng cục Thuế nhận được phản ánh của một số cục thuế và doanh nghiệp về hoàn thuế GTGT đối với trường hợp đã đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ.

Về vấn đề này, Tổng cục Thuế cho biết, tại Điều 1 Luật số 106/2016/QH13 ngày 06/4/2016 của Quốc hội quy định về sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT số 13/2008/QH12 (đã được sửa đổi, bổ sung một số Điều theo Luật số 31/2013/QH13) thì cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng hoặc trong quý thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo.

Trường hợp cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ và có số thuế còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT.

Tại khoản 6 Điều 1 Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01/7/2016 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung Điều 10 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế GTGT quy định về hoàn thuế GTGT, trong đó có quy định về hoàn thuế GTGT thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế đối với dự án đầu tư như sau:

Thứ nhất, cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, nếu thời gian đầu tư từ 01 năm trở lên thì được hoàn thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm, trừ trường hợp quy định tại điểm c khoản này.

Trường hợp, nếu số thuế GTGT lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT.

Trường hợp dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền thanh tra, kiểm tra, kiểm toán thì cơ quan thuế có thể sử dụng kết quả thanh tra, kiểm tra, kiểm toán để quyết định việc hoàn thuế GTGT và phải chịu trách nhiệm về quyết định của mình.

Thứ hai, cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán) tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì số thuế GTGT đầu vào bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh tại trụ sở chính, sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư, trừ trường hợp quy định tại điểm c khoản này. Cơ sở kinh doanh phải kê khai, lập hồ sơ hoàn thuế riêng đối với dự án đầu tư.

Tổng cục Thuế yêu cầu cục thuế các tỉnh căn cứ vào các quy định nêu trên và tình hình thực tế của từng trường hợp cụ thể để xử lý.