Tổng cục Thuế cho biết, theo căn cứ tại khoản 3, Điều 10 Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015 của Bộ Tài chính quy định về dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế TNDN như sau:

“3. Sửa đổi, bổ sung Khoản 5 Điều 18 Thông tư số 78/2014/TT-BTC (đã được sửa đổi, bổ sung tạiĐiều 5 Thông tư số 151/2014/TT-BTC) như sau:

Tổng cục Thuế hướng dẫn cụ thể về các trường hợp áp dụng chính sách thuế TNDN đối với dự án đầu tư mới như sau:

a) Dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế TNDN quy định tại Điều 15, Điều 16 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP là:

- Dự án đầu tư độc lập với dự án DN đang hoạt động (kể cả trường hợp dự án có vốn đầu tư dưới 15 tỷ đồng Việt Nam và không thuộc Danh mục lĩnh vực đầu tư có điều kiện) có Giấy chứng nhận đầu tư từ ngày 01/01/2014 để thực hiện dự án đầu tư độc lập này.

b) Dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo diện đầu tư mới không bao gồm các các trường hợp sau:

- Dự án đầu tư hình thành từ việc: chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi hình thức DN theo quy định của pháp luật;

- Dự án đầu tư hình thành từ việc chuyển đổi chủ sở hữu (bao gồm cả trường hợp thực hiện dự án đầu tư mới nhưng vẫn kế thừa tài sản, địa điểm kinh doanh, ngành nghề kinh doanh của DN cũ để tiếp tục hoạt động sản xuất kinh doanh; mua lại dự án đầu tư đang hoạt động).

DN thành lập hoặc DN có dự án đầu tư từ việc chuyển đổi loại hình DN, chuyển đổi sở hữu, chia, tách, sáp nhập, hợp nhất được kế thừa các ưu đãi về thuế TNDN của DN hoặc dự án đầu tư trước khi chuyển đổi, chia, tách, sáp nhập, hợp nhất trong thời gian còn lại nếu tiếp tục đáp ứng các điều kiện ưu đãi thuế TNDN.

c) Đối với DN đang được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo diện DN mới thành lập từ dự án đầu tư chỉ áp dụng đối với thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh đáp ứng điều kiện ưu đãi đầu tư ghi trong giấy chứng nhận đăng ký DN hoặc giấy chứng nhận đầu tư lần đầu của DN. Đối với DN đang hoạt động sản xuất kinh doanh nếu có sự thay đổi giấy chứng nhận đăng ký DN hoặc giấy chứng nhận đầu tư nhưng sự thay đổi đó không làm thay đổi việc đáp ứng các điều kiện ưu đãi thuế của dự án đó theo quy định thì DN tiếp tục được hưởng ưu đãi thuế cho thời gian còn lại hoặc ưu đãi theo diện đầu tư mở rộng nếu đáp ứng điều kiện ưu đãi theo quy định.”

Căn cứ quy định nêu trên, Tổng cục Thuế thống nhất với ý kiến xử lý của Cục thuế tỉnh Long An nêu tại Công văn số 2045/CT-TTHT ngày 29/7/2016: trường hợp Công ty Nguyên Phát Long An được Ban quản lý Khu kinh tế tỉnh Long An cấp Giấy chứng nhận đầu tư số 7368165558 ngày 29/7/2016 để thực hiện dự án “Xây dựng kho, xưởng cho thuê” nếu thực tế là dự án đầu tư độc lập với dự án “Nhà máy dệt, nhuộm vải và sản xuất bao bì nhựa các loại” Công ty được Ban quản lý khu kinh tế tỉnh Long An cấp Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư số 5003000122 ngày 07/11/2005 và không thuộc các trường hợp (chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi hình thức DN, chuyển đổi chủ sở hữu) thì dự án “Xây dựng kho, xưởng cho thuê” là dự án đầu tư mới.