Căn cứ Khoản 3 Điều 1 Luật Sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế số 106/2016/QH13, Khoản 6 Điều 1 Nghị định 100/2016/NĐ-CP ngày 1/7/2016 của Chính phủ; Khoản 13 Điều 1 Luật số 21/2012/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế, Điều 29 Nghị định 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của chính phủ, Điều 49 Thông tư 38/2015/TT-BTC; Điều 7 Thông tư 150/2013/TT-BTC ngày 29/10/2013 của Bộ Tài chính.

Sau khi trao đổi với Vụ Chính sách Thuế - Bộ Tài chính, Tổng cục Hải quan hướng dẫn các Cục Hải quan tỉnh, thành phố hướng xử lý cụ thể các trường hợp người nộp thuế có số tiền thuế giá trị gia tăng nộp thừa (số tiền thuế giá trị gia tăng đã nộp lớn hơn số tiền thuế giá trị gia tăng phải nộp) như: Nộp thừa thuế giá trị gia tăng hai lần cho một tờ khai; nộp thừa thuế giá trị gia tăng do trước đó chưa nộp C/O ưu đãi đặc biệt sau đó được chấp nhận bổ sung C/O và được áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt theo quy định; nộp thuế giá trị gia tăng cho tờ khai lô hàng nhập khẩu đã được hủy theo quy định; nộp thừa thuế giá trị gia tăng do khai sai mã HS, thuế suất, trị giá tính thuế; xác định không đúng đối tượng chịu thuế sau đó đã được chấp nhận khai bổ sung hoặc cơ quan hải quan ấn định thuế theo quy định.

Đối với các trường hợp này, cơ quan hải quan thực hiện xử lý tiền thuế giá trị gia tăng đã nộp thừa theo quy định tại khoản 1 Điều 49 Thông tư 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính.

Riêng các trường hợp vướng mắc về hoàn thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa nhập khẩu để xuất khẩu: Hiện nay, Vụ Chính sách thuế đang chủ trì nghiên cứu trình Bộ Tài chính phương án xử lý. Tổng cục Hải quan sẽ có văn bản hướng dẫn các Cục Hải quan tỉnh, thành phố ngay sau khi nhận được văn bản hướng dẫn của Bộ Tài chính.