Theo Thanh tra Bộ Tài chính, năm 2016, Tổng cục Hải quan đã chủ động xây dựng và triển khai kế hoạch kiểm tra nội bộ trên cơ sở bám sát chỉ đạo của Bộ Tài chính, nhiệm vụ trọng tâm của ngành và đảm bảo sát đúng với tình hình thực tế.

Các đơn vị trong toàn hệ thống Hải quan đã triển khai thực hiện 9.678 cuộc thanh tra, kiểm tra nội bộ, kiểm tra sau thông quan; chủ trì điều tra chống buôn lậu và bắt giữ, xử lý 15.810 vụ. Tổng số kiến nghị xử lý vi phạm là 3.827,5 tỷ đồng, trong đó: truy thu là 3.620,35 tỷ đồng; xử phạt vi phạm hành chính là 207,15 tỷ đồng. Số tiền thực hiện kiến nghị đã nộp NSNN 2.543,17 tỷ đồng.

Cụ thể, thanh tra chuyên ngành thực hiện 73 cuộc (Thanh tra Tổng cục Hải quan thực hiện 17 cuộc, cục hải quan địa phương thực hiện 56 cuộc). Tổng số tiền nộp NSNN 28,06 tỷ đồng, trong đó: kiến nghị truy thu 24,63 tỷ đồng; truy hoàn 0,89 tỷ đồng; xử phạt vi phạm hành chính 2,54 tỷ đồng.

Lực lượng kiểm tra nội bộ thực hiện 310 cuộc (trong đó: kiểm tra theo kế hoạch 199 cuộc, đột xuất 111 cuộc). Tổng số tiền kiến nghị truy thu là 21,94 tỷ đồng.

Lực lượng kiểm tra sau thông quan thực hiện 9.295 cuộc. Tổng số tiền kiến nghị nộp NSNN là 3.303 tỷ đồng (bằng 169% so với cùng kỳ năm 2015), trong đó: truy thu 3.098,39 tỷ đồng, xử phạt vi phạm hành chính, phạt chậm nộp 204,61 tỷ đồng; số tiền đã nộp NSNN là 2.223 tỷ đồng.

Lực lượng điều tra chống buôn lậu đã chủ trì bắt giữ 15.810 vụ, với giá trị hàng hóa vi phạm khoảng 474,49 tỷ đồng; số tiền đã nộp NSNN 272,84 tỷ đồng.