Theo Thông tư số 02/2017/TT-BTC, một trong những nguồn kinh phí thực hiện nhiệm vụ chi bảo vệ môi trường là ngân sách nhà nước. Theo đó, ngân sách trung ương (bao gồm nguồn trong nước, nguồn ngoài nước) bảo đảm kinh phí chi thực hiện nhiệm vụ bảo vệ môi trường do các Bộ, cơ quan trung ương thực hiện. Ngân sách địa phương bảo đảm kinh phí chi nhiệm vụ bảo vệ môi trường do các cơ quan, đơn vị ở địa phương thực hiện theo phân cấp.

Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài nguyên và Môi trường, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh trình cấp có thẩm quyền bố trí kinh phí sự nghiệp môi trường không thấp hơn 1% tổng chi ngân sách nhà nước trong dự toán ngân sách hàng năm. Kinh phí thực hiện nhiệm vụ chi bảo vệ môi trường còn từ nguồn khác theo quy định của pháp luật (nếu có).

Đối với dự án, đề án về bảo vệ môi trường phải được cấp có thẩm quyền phê duyệt mới đủ điều kiện để bố trí kinh phí và triển khai thực hiện.

Thông tư số 02/2017/TT-BTC nêu rõ, các cơ quan, đơn vị, cá nhân sử dụng kinh phí sự nghiệp bảo vệ môi trường phải theo đúng nội dung đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt; quản lý, sử dụng kinh phí đúng chế độ, tiết kiệm và có hiệu quả; chịu sự kiểm tra, kiểm soát của cơ quan chức năng có thẩm quyền; thực hiện thanh quyết toán, chế độ công khai ngân sách theo quy định hiện hành.