Cụ thể, Thông tư  số 93/2017/TT-BTC  bỏ các khổ 1, 2, 3, 4, 5 sau điểm đ Khoản 3 Điều 12 (đã được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 của Bộ Tài chính) và thay bằng nội dung như sau:

Phương pháp tính thuế của cơ sở kinh doanh xác định theo hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng (GTGT) hướng dẫn tại Điều 11 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính (đã được sửa đổi, bổ sung tại Điều 1 Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 và Điều 2 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/2/2015 của Bộ Tài chính).

Thông tư 93/2017/TT-BTC  bỏ điểm d Khoản 4 Điều 12 (đã được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 của Bộ Tài chính).

Bên cạnh đó, Thông tư  bỏ Khoản 7 Điều 11 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế, Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ.

Như vậy, từ ngày 5/11/2017, việc xác định phương pháp tính thuế GTGT căn cứ theo hồ sơ khai thuế do cơ sở kinh doanh gửi đến cơ quan thuế.

Cụ thể, nếu đăng ký áp dụng thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thì gửi tờ khai thuế GTGT (mẫu 01/GTGT, mẫu 02/GTGT) đến cơ quan thuế. Nếu đăng ký áp dụng thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp thì gửi tờ khai thuế GTGT (mẫu 03/GTGT, mẫu 04/GTGT) đến cơ quan thuế.