Thứ nhất, về việc phân quyền chức năng Phê duyệt thẩm định hoặc Hủy phê duyệt thẩm định, Phê duyệt Quyết định hoàn hoặc Hủy phê duyệt quyết định hoàn. Theo Tổng cục Thuế, quy trình hoàn thuế ban hành kèm theo Quyết định số 905/QĐ-TCT ngày 01/7/2011 của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế và công văn số 3228/TCT-KK ngày 12/8/2014 của Tổng cục Thuế về việc sửa đổi, bổ sung một số điểm tại Quy trình hoàn thuế 905 đã quy định rõ nhiệm vụ và trách nhiệm của từng bộ phận trong cơ quan Thuế.

Cụ thể, Lãnh đạo, cán bộ được phân quyền sử dụng các chức năng “Phê duyệt thẩm định/Hủy phê duyệt thẩm định”, “Phê duyệt Quyết định hoàn/Hủy phê duyệt quyết định hoàn” để kiểm soát hồ sơ hoàn thuế chặt chẽ, đầy đủ, chính xác theo đúng chức năng, nhiệm vụ được giao.

Thứ hai, về  xử lý đối với trường hợp một hồ sơ đề nghị hoàn có nhiều Quyết định hoàn.

Trong quá trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế, cơ quan Thuế xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn một phần và một phần chưa đủ điều kiện hoàn cần thanh tra, kiểm tra hoặc chờ kết quả xác minh làm rõ thì:

Đối với cơ quan Thuế thực hiện giải quyết hoàn ngay đối với số thuế đã đủ điều kiện hoàn và cập nhật đầy đủ vào ứng dụng TMS theo quy định, số thuế chưa đủ điều kiện hoàn cần thanh tra, kiểm tra hoặc chờ kết quả xác minh, hướng dẫn về chính sách sẽ được lưu tại Cột “Số hoàn cần xem xét” tại chức năng 6.2 - Nhập hồ sơ đề nghị hoặc đề xuất hoàn thuế trên ứng dụng TMS.

Đối với số thuế còn lại, sau khi có kết quả thanh tra, kiểm tra hoặc kết quả xác minh nếu đủ điều kiện hoàn thì cơ quan Thuế không yêu cầu người nộp thuế gửi lại hồ sơ đề nghị hoàn mà tự tạo hồ sơ đề nghị hoàn, cập nhật thông tin số hồ sơ gốc của người nộp thuế trên phân hệ QHS, hệ thống hỗ trợ hiển thị thông tin đề nghị hoàn của hồ sơ gốc với số tiền đề nghị hoàn là số tiền đã lưu tại Cột “Số hoàn cần xem xét”. Cơ quan thuế tiếp tục thực hiện xử lý hoàn thuế vào ứng dụng TMS theo quy định.