Giao dịch liên kết là giao dịch kinh doanh giữa các bên liên kết. Theo đó, các bên liên kết là các bên có mỗi quan hệ thuộc một trong các trường hợp sau:

- Một bên tham gia vào việc điều hành, kiểm soát, góp vốn hoặc đầu tư dưới mọi hình thức vào bên kia;

- Các bên cùng chịu sự điều hành, kiểm soát, góp vốn hoặc đầu tư dưới mọi hình thức của một bên khác;

- Các bên cùng tham gia vào việc điều hành, kiểm soát, góp vốn hoặc đầu tư dưới mọi hình thức vào một bên khác.

Cụ thể trong một kỳ tính thuế, hai doanh nghiệp có quan hệ giao dịch kinh doanh thuộc một trong các trường hợp sau thì xác định là các bên liên kết:

- Một doanh nghiệp nắm giữ trực tiếp hoặc gián tiếp ít nhất 20% vốn đầu tư của chủ sở hữu (sau đây gọi tắt là vốn) của doanh nghiệp kia;

- Cả hai doanh nghiệp đều có ít nhất 20% vốn do một bên thứ ba nắm giữ trực tiếp hoặc gián tiếp;

- Cả hai doanh nghiệp đều nắm giữ trực tiếp hoặc gián tiếp ít nhất 20% vốn của một bên thứ ba;

- Một doanh nghiệp là cổ đông lớn nhất về vốn của doanh nghiệp kia, nắm giữ trực tiếp hoặc gián tiếp ít nhất 10% vốn của doanh nghiệp kia;

- Một doanh nghiệp bảo lãnh hoặc cho một doanh nghiệp khác vay vốn dưới bất kỳ hình thức nào với điều kiện khoản vốn vay ít nhất bằng 20% vốn của doanh nghiệp đi vay và chiếm trên 50% tổng giá trị các khoản nợ trung và dài hạn của doanh nghiệp đi vay;

- Một doanh nghiệp chỉ định thành viên ban lãnh đạo điều hành hoặc kiểm soát của một doanh nghiệp khác với điều kiện theo quy định của pháp luật;

- Hai doanh nghiệp cùng có trên 50% thành viên ban lãnh đạo hoặc cùng có 1 thành viên ban lãnh đạo có quyền quyết định các chính sách tài chính hoặc hoạt động kinh doanh được chỉ định bởi một bên thứ ba;

- Hai doanh nghiệp được điều hành hoặc chịu sự kiểm soát về nhân sự, tài chính và hoạt động kinh doanh bởi các cá nhân thuộc một trong các mối quan hệ theo quy định của pháp luật;

- Hai doanh nghiệp có mối quan hệ trụ sở chính và cơ sở thường trú hoặc cùng là cơ sở thường trú của tổ chức, cá nhân nước ngoài;

- Một doanh nghiệp sản xuất, kinh doanh sản phẩm sử dụng tài sản vô hình hoặc quyền sở hữu trí tuệ của một doanh nghiệp khác với điều kiện chi phí phải trả cho việc sử dụng tài sản vô hình, quyền sở hữu trí tuệ đó chiếm trên 50% giá vốn (hoặc giá thành) sản phẩm;

- Một doanh nghiệp cung cấp trực tiếp hoặc gián tiếp trên 50% tổng giá trị nguyên vật liệu, vật tư hoặc sản phẩm đầu vào (không bao gồm chi phí khấu hao đối với tài sản cố định) để sử dụng cho hoạt động sản xuất, kinh doanh sản phẩm đầu ra của một doanh nghiệp khác;

- Một doanh nghiệp kiểm soát trực tiếp hoặc gián tiếp trên 50% sản lượng sản phẩm tiêu thụ (tính theo từng chủng loại sản phẩm) của một doanh nghiệp khác;

- Hai doanh nghiệp có thỏa thuận hợp tác kinh doanh trên cơ sở hợp đồng.

Về vấn đề thuế, theo kinh nghiệm của PLF, các doanh nghiệp có giao dịch liên kết có thể sẽ bị cơ quan thuế ấn định mức giá được sử dụng để kê khai tính thuế, ấn định thu nhập chịu thuế hoặc số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp trong các trường hợp:

- Doanh nghiệp dựa vào các tài liệu, dữ liệu và chứng từ không hợp pháp, không hợp lệ hoặc không nêu rõ nguồn gốc xuất xứ để xác định mức giá, tỷ suất lợi nhuận gộp hoặc các tỷ suất sinh lời áp dụng cho giao dịch liên kết;

- Doanh nghiệp tạo ra giao dịch độc lập giả mạo hoặc sắp đặt lại giao dịch liên kết thành giao dịch độc lập để lấy giao dịch này làm giao dịch độc lập được chọn để so sánh;

- Doanh nghiệp không kê khai hoặc kê khai không đầy đủ đối với giao dịch liên kết phát sinh trong năm quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp; không thực hiện đúng yêu cầu về thời hạn cung cấp các thông tin, dữ liệu và tài liệu để chứng minh cho việc kê khai, hạch toán giá thị trường đối với giao dịch liên kết;

- Cơ quan Thuế nghi ngờ doanh nghiệp không áp dụng hoặc cố tình áp dụng không đúng các quy định của pháp luật và doanh nghiệp không chứng minh được trong thời hạn tối đa là 90 ngày kể từ khi nhận được thông báo của cơ quan Thuế.