Theo đó, Thông tư 09/2016/TT-BKHĐT quy định rõ 10 nội dung kiểm tra tổ chức kinh tế, dự án có vốn đầu tư nước ngoài, gồm:

1. Tiến độ góp vốn điều lệ, vốn đầu tư; tình hình góp vốn pháp định (đối với ngành có quy định vốn pháp định); tổng vốn đầu tư thực tế so với tổng vốn đầu tư đăng ký.

2. Tiến độ triển khai dự án; việc thực hiện các mục tiêu đầu tư của dự án; việc thực hiện và chuyển giao công nghệ theo cam kết của dự án (Nội dung công nghệ, hiệu quả chuyển giao công nghệ, việc lắp đặt máy móc thiết bị, dây chuyền công nghệ của dự án đầu tư); việc thực hiện các cam kết và đáp ứng điều kiện đầu tư, đáp ứng điều kiện hưởng ưu đãi đầu tư, hỗ trợ đầu tư của nhà đầu tư khi dự án đi vào hoạt động.

3. Việc thực hiện các nghĩa vụ tài chính đối với nhà nước (thuế, phí, lệ phí, tiền thuê đất, thuê mặt nước...).

4. Việc thực hiện các quy định pháp luật về lao động; thỏa ước lao động tập thể, xây dựng thang bảng lương; đăng ký nội quy lao động với cơ quan có thẩm quyền; việc thực hiện các chế độ, chính sách về hợp đồng lao động, tiền lương, thời giờ làm việc, thời giờ nghỉ ngơi, bảo hiểm xã hội và các loại bảo hiểm khác như: Bảo hiểm y tế, bảo hiểm thất nghiệp, bảo hiểm tai nạn,... đối với người lao động; việc thực hiện các quy định của pháp luật Việt Nam về quản lý chuyên gia,lao động nước ngoài làm việc tại Việt Nam; việc thực hiện các quy định về xuất nhập cảnh, tạm trú, tạm vắng cho người lao động trong và ngoài nước.

5. Việc tuân thủ các quy định pháp luật về quản lý ngoại hối.

6. Việc tuân thủ các quy định pháp luật về: đất đai, thuê đất, sử dụng đất, chuyển mục đích sử dụng đất; tài nguyên khoáng sản; bảo vệ môi trường.

7. Tình hình tài chính của tổ chức kinh tế có vốn đầu tư nước ngoài:

8. Các nội dung khác liên quan tới triển khai thực hiện dự án đầu tư, gồm:

- Việc thực hiện các quy định của pháp luật về xây dựng, việc quản lý chất lượng xây dựng công trình; phòng cháy chữa cháy;

- Việc chấp hành quy định về giám sát, đánh giá đầu tư và về chế độ báo cáo, thống kê theo quy định;

- Các nội dung khác liên quan đến dự án đầu tư;

- Việc chấp hành biện pháp xử lý vấn đề đã phát hiện.

9. Đối với các dự án thuộc diện cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, ngoài các nội dung được quy định từ khoản 1 đến khoản 8 Điều này, nội dung kiểm tra còn bao gồm việc thực hiện các nội dung quy định tại văn bản quyết định chủ trương đầu tư, Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp.

10. Tùy mục đích, yêu cầu của công tác kiểm tra và theo tính chất, đặc điểm của dự án có vốn đầu tư nước ngoài, nội dung kiểm tra có thể bao gồm toàn bộ hay một phần các nội dung quy định tại Điều này.