Thông tư số 94/2021/TT-BTC quy định, lệ phí cấp mới, cấp đổi giấy phép do đổi nội dung trong giấy phép khai thác thuỷ sản cho tàu cá Việt Nam là 40.000 đồng; cấp lại là 20.000 đồng. Lệ phí cấp mới, cấp đổi giấy phép do đổi nội dung trong giấp phép hoạt động thủy sản đối với tàu cá nước ngoài là 200 USD/lần; gia hạn hoặc cấp lại 100USD/lần.

Phí thẩm định xác nhận nguồn gốc nguyên liệu thủy sản là 150.000 đồng + (số tấn thủy sản x 15.000 đồng/tấn); tối đa 700.000 đồng/lần. Phí thẩm định kinh doanh có điều kiện thuộc lĩnh vực thủy sản (thẩm định cấp giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện đăng kiểm tàu cá) là 12.450.000 đồng/lần.

Thông tư cũng quy định cụ thể về các loại phí đăng kiểm an toàn kỹ thuật tàu cá, kiểm định trang thiết bị nghề cá như: phí thẩm định thiết kế đóng mới, cải hoán, sửa chữa phục hồi tàu cá; phí giám sát kỹ thuật đóng mới (kể cả các phương tiện chưa được cơ quan đăng kiểm kiểm tra - kiểm tra lần đầu); phí giám sát kỹ thuật cải hoán, sửa chữa phục hồi; phí kiểm tra bất thường, tai nạn; phí kiểm tra an toàn kỹ thuật tàu cá và các trang thiết bị trên tàu cá hàng năm; phí kiểm tra an toàn kỹ thuật tàu cá và các trang thiết bị trên tàu cá; phí kiểm tra phao cứu sinh (áp dụng cho cơ sở sản xuất phao - tính theo mẫu kiểm tra).

Theo Thông tư số 94/2021/TT-BTC, tổ chức thu phí là đơn vị sự nghiệp công lập được trích 90% số tiền phí thu được để chi cho các nội dung quy định tại Điều 5 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP ngày 23/8/2016 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Phí và lệ phí; nộp 10% số tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước theo chương, tiểu mục tương ứng của Mục lục ngân sách hiện hành.

Tổ chức thu phí là cơ quan nhà nước nộp toàn bộ số tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước; nguồn chi phí trang trải cho thực hiện công việc và thu phí do ngân sách nhà nước bố trí trong dự toán của tổ chức thu theo chế độ, định mức chi ngân sách nhà nước. Trường hợp tổ chức thu phí là cơ quan nhà nước được khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí được trích lại 90% số tiền phí thu được để chi cho các nội dung quy định tại Điều 5 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP; nộp 10% số tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước theo chương, tiểu mục tương ứng của Mục lục ngân sách hiện hành.

Tổ chức thu lệ phí nộp 100% tiền lệ phí thu được vào ngân sách nhà nước theo chương, tiểu mục tương ứng của Mục lục ngân sách hiện hành. Nguồn chi phí trang trải cho việc thực hiện công việc và thu lệ phí do ngân sách nhà nước bố trí trong dự toán của tổ chức thu theo chế độ, định mức chi ngân sách nhà nước.

Thông tư số 94/2021/TT-BTC có hiệu lực từ ngày 17/12/2021. Riêng quy định về phí kiểm tra an toàn kỹ thuật tàu cá và các trang thiết bị trên tàu cá trung gian (trên đà) và phí thẩm định kinh doanh có điều kiện thuộc lĩnh vực thủy sản (thẩm định cấp giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện đăng kiểm tàu cá) áp dụng kể từ ngày 01/01/2022.