Theo Thông tư trên, lệ phí phân bổ kho số viễn thông thu được, cơ quan thu lệ phí nộp 100% vào ngân sách nhà nước theo Mục lục ngân sách nhà nước hiện hành. Ngoài ra, đối với phí sử dụng kho số viễn thông thu được, cơ quan thu phí được để lại 90% để phục vụ cho công tác tổ chức thu và sử dụng theo quy định tại Thông tư số 188/2011/TT-BTC ngày 19/12/2011 của Bộ Tài chính. Số phí 10% còn lại được nộp vào vào ngân sách nhà nước theo Mục lục ngân sách nhà nước hiện hành.

Cơ quan thu phí phải thực hiện kê khai và nộp phí sử dụng kho số viễn thông được thực hiện theo quý, hoặc chậm nhất là ngày thứ 30 của quý tiếp theo của quý phải kê khai, nộp phí. Trường hợp tổ chức, doanh nghiệp được phân bổ mã, số mới, phân bổ bổ sung từ quý nào thì việc kê khai và nộp phí được tính từ quý được phân bổ.

Thông tư cũng lưu ý các doanh nghiệp không thu phí, lệ phí đối với các số dịch vụ khẩn cấp, số dịch vụ đo thử và số dịch vụ hỗ trợ khách hàng bắt buộc: 113, 114, 115, 100117, 100118, 116, 119.

Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 06/02/2014.