Theo đó, Thông tư 327/2016/TT-BTC  quy định cơ quan thanh tra nhà nước được trích theo các mức cụ thể dưới đây:

Một là, đối với cơ quan Thanh tra Chính phủ: Được trích tối đa 30% trên tổng số tiền đã thực nộp vào ngân sách nhà nước đối với số nộp đến 50 tỷ đồng/năm; Được trích thêm tối đa 20% trên tổng số tiền đã thực nộp vào ngân sách nhà nước đối với số nộp từ trên 50 tỷ đồng đến 80 tỷ đồng/năm; Được trích thêm tối đa 10% trên tổng số tiền đã thực nộp vào ngân sách nhà nước đối với số nộp từ trên 80 tỷ đồng/năm.

Hai là, đối với thanh tra của các Bộ, cơ quan ngang Bộ, thanh tra các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương: Được trích tối đa 30% trên tổng số tiền đã thực nộp vào ngân sách nhà nước đối với số nộp đến 10 tỷ đồng/năm; Được trích thêm tối đa 20% trên tổng số tiền đã thực nộp vào ngân sách nhà nước đối với số nộp từ trên 10 tỷ đồng đến 20 tỷ đồng/năm; Được trích thêm tối đa 10% trên tổng số tiền đã thực nộp vào ngân sách nhà nước đối với số nộp từ trên 20 tỷ đồng/năm.

Ba là, đối với thanh tra các sở, thanh tra các quận, huyện, thành phố, thị xã trực thuộc tỉnh: Được trích tối đa 30% trên tổng số tiền đã thực nộp vào ngân sách nhà nước đối với số nộp đến 2 tỷ đồng/năm; Được trích thêm tối đa 20% trên tổng số tiền đã thực nộp vào ngân sách nhà nước đối với số nộp từ trên 2 tỷ đồng đến 3 tỷ đồng/năm; Được trích thêm tối đa 10% trên tổng số tiền đã thực nộp vào ngân sách nhà nước đối với số nộp từ trên 3 tỷ đồng/năm.

Thông tư 327/2016/TT-BTC cũng quy định căn cứ khả năng ngân sách và tình hình thực tế triển khai nhiệm vụ của các cơ quan thanh tra nhà nước tại địa phương, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh trình Hội đồng nhân dân cấp tỉnh quyết định mức trích (tỷ lệ phần trăm) cụ thể trên tổng số tiền đã thực nộp vào ngân sách nhà nước đảm bảo không quá mức được trích theo quy định.

Cơ quan thanh tra nhà nước được sử dụng kinh phí được trích để chi cho những nội dung sau:

Tăng cường cơ sở vật chất, mua sắm, sửa chữa tài sản, máy móc, trang thiết bị, phương tiện làm việc, phương tiện đi lại phục vụ công tác thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo và công tác phòng chống tham nhũng;

Bổ sung chi đào tạo, bồi dưỡng, tập huấn nâng cao nghiệp vụ, tổ chức các đoàn đi học tập kinh nghiệm trong và ngoài nước của thanh tra viên, cán bộ, công chức và người lao động các cơ quan thanh tra nhà nước;

Bổ sung chi phục vụ các hoạt động thanh tra; chi cho việc mua thông tin phục vụ việc xử lý thu hồi tiền vi phạm; tuyên truyền, phổ biến giáo dục pháp luật về thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo, phòng chống tham nhũng;

Chi hỗ trợ động viên, khuyến khích các tập thể và cá nhân trong và ngoài cơ quan thanh tra đã tích cực phối hợp trong công tác thanh tra, giải quyết khiếu nại tố cáo và trong công tác đấu tranh phòng chống tham nhũng;

Chi khen thưởng, khuyến khích, động viên cán bộ, công chức và người lao động của cơ quan thanh tra (ngoài khoản chi khen thưởng hàng năm theo quy định của Luật Thi đua, Khen thưởng).

Mức chi khuyến khích, khen thưởng cho cán bộ, công chức, người lao động trong cơ quan thanh tra từ nguồn kinh phí được trích theo quy định tại Thông tư này và khoản chi bổ sung thu nhập từ nguồn kinh phí tiết kiệm được của cơ quan thực hiện chế độ tự chủ, tổng hợp lại tối đa không vượt quá 1,0 lần tiền lương cấp bậc, chức vụ trong một năm do nhà nước quy định; Chi hỗ trợ các khoản chi khác mang tính chất phúc lợi tập thể.