Trong quá trình theo dõi hệ thống kế toán tập trung, Tổng cục Hải quan phát hiện một số trường hợp doanh nghiệp xuất nhập khẩu hoặc ngân hàng thương mại khi làm thủ tục nộp thuế vào ngân sách nhà nước mặc dù đã chuyển đủ tổng số tiền thuế trên tờ khai nhưng không đúng sắc thuế.

Sự nhầm lẫn này này làm phát sinh tình trạng vừa có khoản thuế thừa và vừa có khoản thuế thiếu nhưng không phát hiện ra; dẫn đến tờ khai hải quan còn nợ thuế gây khó khăn cho doanh nghiệp khi làm thủ tục xuất nhập khẩu các lô hàng tiếp theo.

Để tạo thuận lợi cho doanh nghiệp trong quá trình làm thủ tục hải quan, Tổng cục Hải quan ban hành Công văn số 3384/TCHQ-TXNK ngày 30/5/2019 đề nghị các Cục Hải quan tỉnh, thành phố rà soát sai sót khi nộp tiền thuế của doanh nghiệp vào ngân sách nhà nước.

Theo đó, chỉ đạo các chi cục Hải quan trực thuộc định kỳ hàng tháng thực hiện rà soát số liệu trên bảng kê giấy nộp tiền từ Kho bạc nhà nước, danh sách nợ thuế tại hệ thống kế toán thuế tập trung.

Từ đó, phát hiện các trường hợp doanh nghiệp có nợ tiền thuế do nộp tiền không chính xác giữa các sắc thuế, liên hệ và thông báo cho doanh nghiệp biết tình trạng nộp tiền không đúng để chủ động làm hồ sơ điều chỉnh hoặc hoàn trả kiêm bù trừ số tiền thuế chuyển sai theo quy định tại Khoản 64, Khoản 65 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC ngày 20/4/2018 của Bộ Tài chính.