Theo báo cáo của Tổng cục Thuế (tính đến tháng 11/2016), toàn ngành đã tiến hành thanh tra, kiểm tra được 329 doanh nghiệp có giao dịch liên kết. Từ đó, ngành Thuế đã truy thu, truy hoàn và phạt hơn 607,5 tỷ đồng; giảm lỗ 5.162,2 tỷ đồng; giảm khấu trừ hơn 2 tỷ đồng và điều chỉnh tăng thu nhập chịu thuế hơn 2.121 tỷ đồng. Trong đó thanh tra, kiểm tra xác định lại giá thị trường đối với giao dịch liên kết đã truy thu 211 tỷ đồng; giảm lỗ 3.922 tỷ đồng, điều chỉnh tăng thu nhập chịu thuế gần 1.966 tỷ đồng.

Theo nhận định của lãnh đạo Vụ Thanh tra (Tổng cục Thuế), thanh tra giá chuyển nhượng là lĩnh vực phức tạp, thường liên quan đến các công ty đa quốc gia và các vấn đề thuế quốc tế, cán bộ thanh tra không chỉ phải đấu tranh với doanh nghiệp mà còn đấu tranh với đội ngũ tư vấn, luật sư dày dạn kinh nghiệm nên cuộc thanh tra giá chuyển nhượng thường kéo dài hơn so với các cuộc thanh tra thông thường.

Công tác thanh tra giá chuyển nhượng được dựa trên nền tảng phân tích so sánh nên thông tin, dữ liệu có vai trò vô cùng quan trọng. Nếu thiếu cơ sở dữ liệu của các đối tượng so sánh thì công tác thanh tra giá chuyển nhượng sẽ bế tắc. Do vậy, xây dựng cơ sở dữ liệu là nhiệm vụ được ưu tiên hàng đầu trong công tác quản lý giá chuyển nhượng, nhất là trong bối cảnh thực tế hiện nay, cơ quan thuế chưa thực hiện mua cơ sở dữ liệu thương mại thì cần tập trung xây dựng và hoàn thiện cơ sở dữ liệu người nộp thuế.

Xác định được tầm quan trọng của vấn đề này, ngay từ đầu năm 2016, Tổng cục Thuế đã khẩn trương triển khai nhiều biện pháp để từng bước xây dựng và hoàn thiện cơ sở dữ liệu từ nguồn dữ liệu nội bộ. Song, theo đại diện Vụ Thanh tra, công tác xây dựng cơ sở dữ liệu vẫn còn hạn chế. Thực tế cho thấy, dữ liệu về người nộp thuế chưa đầy đủ và thiếu tính chính xác; dữ liệu về ngành nghề hoạt động sản xuất kinh doanh của người nộp thuế chưa sát, đúng với ngành nghề hoạt động thực tế của doanh nghiệp.

Hơn nữa, dữ liệu kê khai về giao dịch liên kết được lưu trong cơ sở dữ liệu dưới dạng file ảnh nên kết xuất thông tin dữ liệu phục vụ cho các mục đích quản lý cũng như việc áp dụng các phân tích rủi ro tự động không thể thực hiện được. Đáng chú ý, một số thông tin quan trọng trong công tác quản lý giá chuyển nhượng như thông tin tài chính của công ty mẹ, công ty liên kết, thông tin ngành, mô hình sản xuất kinh doanh của người nộp thuế… chưa được cập nhật và lưu trữ vào cơ sở dữ liệu ngành Thuế.

Trong năm 2017, Tổng cục Thuế sẽ tập trung đầu tư sức người, sức của để triển khai thu thập các tài liệu quốc tế về đánh giá rủi ro và lựa chọn trường hợp thanh tra trong thanh tra giá chuyển nhượng. Đồng thời, toàn ngành Thuế sẽ tiếp tục triển khai, củng cố cơ cấu tổ chức bộ máy thanh tra, kiểm tra thuế các cấp, đặc biệt là bộ phận thanh tra giá chuyển nhượng tại một số Cục Thuế lớn; bộ phận thanh tra tại cấp Chi cục Thuế, đáp ứng yêu cầu trong công tác thanh tra, kiểm tra thuế.

Theo nhận định của Chuyên gia kinh tế Nguyễn Minh Phong: “Việc đầu tư công sức, tiền bạc và con người cho công cuộc chống chuyển giá hoàn toàn là một cuộc đầu tư có lãi, thậm chí là lãi lớn bởi khi hoạt động chống chuyển giá tại Việt Nam đi vào trọng tâm và thực chất, số thu về ngân sách nhà nước sẽ là không nhỏ, đồng thời còn mang lại một môi trường kinh doanh lành mạnh, công bằng cho các doanh nghiệp làm ăn chân chính trong nước và nước ngoài đã, đang và sẽ đầu tư vào Việt Nam”.