Cụ thể, có 36/38 Tập đoàn, Tổng công ty (TĐ, TCT) kinh doanh có lãi, đứng đầu là Viettel (lãi 27.316 tỷ đồng); SCIC (4.413 tỷ đồng)...; chỉ có 2 TCT kinh doanh lỗ TCT Thép Việt Nam - CTCP lỗ 222,43 tỷ đồng; TCT cổ phần Sông Hồng lỗ 4,42 tỷ đồng. Các TĐ, TCT được kiểm toán có tổng tài sản, nguồn vốn đến hết 31/12/2013là 507.998 tỷ đồng; lợi nhuận kế toán trước thuế 58.172 tỷ đồng; các khoản thuế và khoản khác phải nộp NSNN 13.912 tỷ đồng.

Tuy nhiên vẫn còn nhiều tồn tại, khi cónhiều TĐ, TCT quản lý nợ chưa chặt chẽ, dẫn đến nợ phải thu quá hạn, nợ khó đòi lớn như: Tổng CtyCP Đầu tư Quốc tế Viettel 1.960 tỷ đồng (chiếm 17,9% nợ phải thu); Công ty TNHH MTV Động cơ và Máy nông nghiệp miền Nam 88 tỷ đồng...

Một số đơn vị xóa nợ phải thu khi chưa đủ điều kiện, trích lập dự phòng nợ phải thu khó đòi không đúng quy định, chưa xây dựng và ban hành quy chế quản lý các khoản nợ phải thu; nợ tạm ứng tồn đọng nhiều năm với số tiền lớn chưa được thu hồi.

Đặc biệt, một số TCT nợ trong nội bộ lớn, kéo dài chưa giải quyết dứt điểm như: TCT Vật liệu Xây dựng số 1 - TNHH MTV: CtyCP Cơ khí Xây dựng Tân Định nợ Công ty mẹ từ năm 2011 số tiền 18,59 tỷ đồng; TCT Thép Việt Nam - CTCP: Các đơn vị nợ Công ty mẹ gồm CtyCP Gang thép Thái Nguyên 53,48 tỷ đồng, CtyCP Tôn mạ VNSteel Thăng Long 12,2 tỷ đồng, CtyCP Vật liệu chịu lửa Trúc Thôn 8,16 tỷ đồng…

KTNN cũng chỉ rõ, một số đơn vị quản lý, sử dụng hàng tồn kho chưa hiệu quả, còn để hàng hóa ứ đọng, chậm luân chuyển, trích lập dự phòng giảm giá hàng tồn kho chưa đúng quy định, chi phí sản xuất kinh doanh dở dang không có nguồn bù đắp.

Đặc biệt, một số TCT đầu tư tài sản sử dụng không hiệu quả gây lãng phí vốn, thua lỗ.Điển nhưĐài truyền hình VTC: Đầu tư tài sản phải dừng hoạt động là Hệ thống truyền hình kỹ thuật số 22,09 tỷ đồng; thiết bị truyền hình kỹ thuật số mặt đất cho một số trạm phát cấp tỉnh, cấp huyện; một số thiết bị thuộc dự án Hệ thống phát thanh truyền hình trên mạng Internet là 1,76 tỷ đồng…

Bên cạnh đó, còn nhiều TCT đầu tư không hiệu quả hoặc hiệu quả thấp, nhiều DN có vốn góp của các TCT kinh doanh thua lỗ, mất vốn, phá sản, ngừng hoạt động.

Hầu hết TCT có hoạt động đầu tư xây dựng, kinh doanh bất động sản còn nhiều dự án chậm tiến độ làm giảm hiệu quả đầu tư, một số dự án phải tạm dừng triển khai gây lãng phí vốn đầu tư như: Công trình Nhà văn phòng làm việc và cho thuê tại 23 Hàn Thuyên của CtyCP Vận tải và Dịch vụ hàng hóa Hà Nội; Công ty mẹ - SATRA: Dự án nhà ở và Trung tâm thương mại tại số 62 Tân Thành, quận Tân Phú, TP. Hồ Chí Minh; TCT Giấy Việt Nam: Dự án Nhà máy Bột giấy Phương Nam.

Báo cáo của KTNN cũng nêu rõ,một số TCT quản lý và sử dụng Quỹ hỗ trợ sắp xếpDN chưa chặt chẽ, xây dựng đơn giá tiền lương, trích quỹ lương chưa hợp lý, chưa nộp kịp thời các khoản trích theo lương. Hầu hết các đơn vị phản ánh không đúng doanh thu, chi phí; một số đơn vị chưa tuân thủ đầy đủ quy định về đăng ký giá bán hàng hoặc chương trình khuyến mại với cơ quan quản lý Nhà nước...

Cũng theo KTNN, hầu hết các TĐ, TCT được kiểm toán đã ban hành quy chế giám sát tài chính và hiệu quả hoạt động, công khai tài chính, thực hiện đánh giá xếp loại DN, đánh giá thực hiện nhiệm vụ của người đại diện vốn nhà nước; người đại diện vốn nhà nước tại các DN cơ bản đã thực hiện quyền và nghĩa vụ, chế độ báo cáo theo quy định. Song, tại một số đơn vị công tác giám sát còn hạn chế, như: Chưa bổ nhiệm kiểm soát viên; chưa thực hiện đầy đủ quyền, nghĩa vụ của người đại diện vốn.