Khác với Luật Quản lý thuế hiện hành, dự thảo Luật Quản lý thuế (sửa đổi) đã thiết kế một chương riêng quy định rõ về quyền hạn, trách nhiệm của các bộ, ngành có liên quan theo hướng phối hợp thực hiện quản lý thuế theo chức năng, nhiệm vụ của từng bộ, ngành.

Tiếp thu các ý kiến đóng góp về nội dung này, Bộ Tài chính đã chỉnh sửa, bổ sung thêm trách nhiệm của các bộ, ngành trong phối hợp quản lý thuế. Theo đó, bổ sung trách nhiệm của Bộ Công an trong việc dừng xuất cảnh đối với các trường hợp chưa hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế.

Đồng thời, dự thảo Luật cũng bổ sung trách nhiệm của Bộ Công Thương liên quan đến hoạt động của lực lượng quản lý thị trường trong phối hợp với cơ quan quản lý thuế trong các trường hợp nhượng quyền thương mại và các hoạt động liên quan.

Ngân hàng Nhà nước Việt Nam bổ sung trách nhiệm trong việc chỉ đạo các tổ chức tín dụng phối hợp với cơ quan quản lý thuế thực hiện các biện pháp quy định của Luật này và pháp luật có liên quan.

Bộ Kế hoạch và Đầu tư có trách nhiệm chỉ đạo hướng dẫn các cơ quan chức năng trong việc thẩm định giá trị máy móc, thiết bị, công nghệ nhập khẩu trước khi phê duyệt dự án đầu tư; tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra, giám định chất lượng, giá trị máy móc, thiết bị, công nghệ được sử dụng trong quá trình hoạt động của dự án đầu tư. 

Về trách nhiệm của Kiểm toán Nhà nước, dự thảo Luật sửa đổi theo hướng: Trong trường hợp cơ quan Kiểm toán Nhà nước, Thanh tra Nhà nước trực tiếp kiểm toán, thanh tra nghĩa vụ nộp ngân sách của người nộp thuế theo quy định của pháp luật thì cơ quan Kiểm toán Nhà nước và Thanh tra ban hành kết luận kiểm toán và kết luận thanh tra. Người nộp thuế có trách nhiệm nộp ngân sách nhà nước theo kết luận của Kiểm toán Nhà nước và Thanh tra Nhà nước.

Trong trường hợp cơ quan Kiểm toán nhà nước, Thanh tra Nhà nước không trực tiếp kiểm toán hoặc thanh tra đối với người nộp thuế mà thực hiện kiểm toán và thanh tra tại cơ quan quản lý thuế có nội dung kết luận liên quan đến nghĩa vụ thuế phải nộp thì Kiểm toán Nhà nước và Thanh tra Nhà nước chịu trách nhiệm về kết luận của mình.

Nếu người nộp thuế và cơ quan có liên quan không thống nhất với kết luận của cơ quan Kiểm toán Nhà nước và Thanh tra nhà nước thì Thủ tướng Chính phủ xem xét quyết định đối với kết luận của Thanh tra Nhà nước và Ủy ban Thường vụ Quốc hội xem xét quyết định đối với kết luận của Kiểm toán Nhà nước.

Ông Cao Anh Tuấn - Phó Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế cho rằng, việc quy định quyền hạn, trách nhiệm của các bộ, ngành có liên quan theo hướng phối hợp thực hiện quản lý thuế sẽ góp phần tạo cơ sở cho quản lý thuế hiện đại; tạo điều kiện cho cơ quan quản lý thuế thực hiện nghiêm quyền và trách nhiệm của mình theo quy định pháp luật, tích cực phòng chống tham nhũng, tiêu cực.

Cùng quan điểm trên, nhiều chuyên gia kinh tế nhận định, sự phối hợp linh hoạt giữa các bộ, ngành sẽ khắc phục được những bất cập của quy định quản lý thuế hiện hành trong bối cảnh nền kinh tế ngày càng hội nhập, phát triển với nhiều phương thức kinh doanh đa dạng, hiện đại…, qua đó, góp phần nâng cao hiệu quả quản lý thuế.