Trong thời gian vừa qua, trên một số phương tiện thông tin đại chúng có phản ánh vấn đề liên quan đến doanh nghiệp FDI và những chính sách thuế có liên quan. Theo đó, các cơ quan báo chí cho rằng từ năm 2012-2016, số doanh nghiệp FDI báo lỗ chiếm 44 - 51% tổng số doanh nghiệp, đây có thể là dấu hiệu của chuyển giá và ngành Thuế cũng khó biết do chưa có chức năng điều tra. Nhiều doanh nghiệp chuyển giá thông qua các khoản vay từ công ty mẹ, công ty liên kết có chi phí lãi vay quá mức thông thường. Do đó, cần có cơ chế kiểm soát để hạn chế doanh nghiệp FDI có lỗ lũy kế, lỗ mất vốn nhưng vẫn mở rộng sản xuất kinh doanh.

Đối với chính sách ưu đãi thuế nghiêng theo ưu đãi địa bàn hơn là lĩnh vực, các cơ quan báo chí cho rằng, việc áp dụng ưu đãi theo lĩnh vực còn khó khăn về thủ tục. Cụ thể như theo nhận định của Phó Tổng giám đốc Tư vấn thuế Deloitte Việt Nam Bùi Ngọc Tuấn, các ngành dịch vụ giá trị gia tăng cao chưa có cơ chế ưu đãi hợp lý; các mức chính sách ưu đãi thuế còn cứng nhắc, nhiều trường hợp nhà đầu tư không tận dụng được ưu đãi thuế nên giảm sức thu hút đầu tư.

Liên quan đến việc giảm thuế theo các hiệp định ký kết, cơ quan báo chí đánh giá, hiện Việt Nam có danh mục 75 hiệp định thuế quan đã ký với mức độ, phạm vi rất rộng và toàn diện. Song trên thực tế việc giảm thuế theo các hiệp định ký kết chưa áp dụng tự động, trong khi cơ quan Thuế chưa ban hành văn bản xác nhận việc miễn, giảm thuế cho các doanh nghiệp FDI theo các hiệp định đã ký kết.