Theo đó, điểm b, khoản 3 Điều 58 Luật khoa học và công nghệ số 29/2013/QH13 ngày 18/6/2013 của Quốc hội quy định, doanh nghiệp (DN) khoa học và công nghệ được hưởng chính sách ưu đãi về thuế TNDN, miễn lệ phí trước bạ khi đăng ký quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà theo quy định của pháp luật.

Khoản 2, Điều 10 Nghị định số 95/2014/NĐ-CP ngày 17/10/2014 của Chính phủ quy định, chính sách ưu đãi đối với DN khoa học và công nghệ được hưởng chế độ miễn, giảm thuế thu nhập DN (TNDN) như DN đầu tư vào khu CNC theo quy định của pháp luật về thuế TNDN và các văn bản pháp luật có liên quan.

Khoản 7, khoản 8 Điều 1 Luật thuế TNDN số 32/2013/QH13 quy định: Thu nhập của DN từ thực hiện dự án đầu tư mới tại khu công nghệ cao (CNC), thu nhập của DN từ thực hiện dự án đầu tư mới thuộc lĩnh vực nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ được áp dụng thuế suất 10% trong 15 năm, được miễn thuế tối đa không quá 4 năm và giảm 50% số thuế phải nộp tối đa không quá 9 năm tiếp theo.

Điểm 3, khoản 8, Điều 1 Luật thuế TNDN số 32/2013/QH13 quy định: Thời gian miễn thuế, giảm thuế đối với thu nhập của DN từ thực hiện dự án đầu tư mới quy định tại khoản 1 và khoản 2 Điều này được tính từ năm đầu tiên có thu nhập chịu thuế từ dự án đầu tư, trường hợp không có thu nhập chịu thuế trong ba năm đầu, kể từ năm đầu tiên có doanh thu từ dự án thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ tư. Thời gian miễn thuế, giảm thuế đối với DN CNC, DN nông nghiệp ứng dụng CNC quy định tại điểm c khoản 1 Điều 13 của Luật này được tính từ ngày được cấp giấy chứng nhận là DN CNC, DN nông nghiệp ứng dụng CNC.

Theo khoản 3, Điều 10 Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015 của Bộ Tài chính, dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế TNDN quy định tại Điều 15, Điều 16 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP là: Dự án được cấp Giấy chứng nhận đầu tư lần đầu từ ngày 01/01/2014 và phát sinh doanh thu của dự án đó sau khi được cấp Giấy chứng nhận đầu tư; Dự án đầu tư độc lập với dự án DN đang hoạt động có Giấy chứng nhận đầu tư từ ngày 01/01/2014 để thực hiện dự án đầu tư độc lập này.

Dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo quy định phải được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền cấp Giấy phép đầu tư hoặc Giấy chứng nhận đầu tư hoặc được phép đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư.

Trong khi đó, khoản 5, Điều 10 Thông tư số 96/2015/TT-BTC của Bộ Tài chính quy định: Trường hợp trong kỳ tính thuế đầu tiên mà dự án đầu tư của DN có thời gian hoạt động sản xuất, kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế dưới 12 tháng, DN được lựa chọn hưởng ưu đãi thuế đối với dự án đầu tư ngay từ kỳ tính thuế đầu tiên đó hoặc đăng ký với cơ quan thuế thời gian bắt đầu được hưởng ưu đãi thuế từ kỳ tính thuế tiếp theo. Trường hợp DN đăng ký thời gian ưu đãi thuế vào kỳ tính thuế tiếp theo thì phải xác định số thuế phải nộp của kỳ tính thuế đầu tiên để nộp vào ngân sách nhà nước theo quy định.

Khoản 8, Điều 1 Thông tư liên tịch số 17/2012/TTLT-BKHCN-BTC-BNV của Bộ Khoa học và công nghệ, Bộ Tài chính và Bộ Nội vụ sửa đổi, bổ sung Thông tư liên tịch số 06/2008/TTLT-BKHCN-BTC-BNV hướng dẫn thực hiện Nghị định số 80/2007/NĐ-CP của Chính phủ về DN khoa học và công nghệ quy định: “DN KH&CN được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo hướng dẫn tại điểm 1.2, khoản 1, mục III Thông tư liên tịch này nếu đáp ứng điều kiện: DN KH&CN có tỷ lệ doanh thu từ việc sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hàng hóa hình thành từ kết quả KH&CN trên tổng doanh thu của DN trong năm thứ nhất đạt từ 30% trở lên, năm thứ hai đạt từ 50% trở lên và từ năm thứ ba trở đi đạt từ 70% trở lên. Năm thứ nhất được hiểu là năm đầu tiên DN KH&CN có thu nhập chịu thuế”.

Bên cạnh đó, căn cứ điểm c, khoản 1, Điều 3 Thông tư số 06/2016/TT-BXD của Bộ Xây dựng; Căn cứ điểm d, khoản 1, Điều 4 Thông tư số 45/2013/TT-BTC ngày của Bộ Tài chính; Căn cứ điểm d.2, khoản 1, Điều 35 Thông tư số 200/2014/TT-BTC ngày của Bộ Tài chính và các quy định nêu trên, trường hợp nếu dự án dây chuyền sản xuất kính tiết kiệm năng lượng của Công ty là dự án mới, độc lập, đã được Bộ KH&CN cấp Giấy chứng nhận hoạt động ứng dụng CNC và thu nhập từ dự án dây chuyền sản xuất kính tiết kiệm năng lượng nêu trên của Công ty chưa được hưởng ưu đãi thuế TNDN, đồng thời nếu doanh thu từ việc sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hàng hóa hình thành từ kết quả KH&CN nêu trên của Công ty đáp ứng điều kiện tại khoản 8, Điều 1 Thông tư liên tịch số 17/2012/TTLT-BKHCN-BTC-BNV thì Công ty được hưởng ưu đãi bằng mức ưu đãi áp dụng cho DN CNC, DN nông nghiệp ứng dụng CNC quy định tại khoản 1, Điều 15 và khoản 1, Điều 16 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP.

Cụ thể, thuế suất ưu đãi 10% trong thời hạn 15 năm, miễn thuế 4 năm, giảm 50% số thuế TNDN phải nộp trong 9 năm tiếp theo.

Theo phản ánh của Công ty kính nổi Viglacera, giai đoạn từ 18/07/2016 đến 30/06/2017, Công ty chưa ghi nhận dây chuyền sản xuất kính tiết kiệm năng lượng là tài sản cố định mà dự án thực hiện chạy thử nghiệm toàn bộ thiết bị, sản xuất thử nghiệm để nghiệm thu dây chuyền sản xuất chính và có phát sinh doanh bán sản phẩm chạy thử (phát sinh lãi khoản 1 tỷ đồng). Nếu Công ty đã giảm trừ giá trị sản phẩm chạy thử thu hồi được trong tổng giá trị quyết toán công trình xây dựng theo quy định tại Quy chế quản lý đầu tư và xây dựng hiện hành thì doanh thu từ việc bán sản phẩm chạy thử nêu trên không phải là doanh thu của dự án.

Do đó, thời điểm áp dụng thuế suất ưu đãi sẽ được tính từ năm dự án đầu tư mới của Công ty (dự án dây chuyền sản xuất kính tiết kiệm năng lượng) đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh và có doanh thu (năm 2017), đồng thời thời điểm hưởng ưu đãi về thời gian miễn, giảm thuế được xác định kể từ năm đầu tiên dự án đầu tư mới của Công ty có thu nhập chịu thuế.

Trường hợp trong kỳ tính thuế đầu tiên mà dự án đầu tư của Công ty có thời gian hoạt động sản xuất, kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế dưới 12 tháng, Công ty được lựa chọn hưởng ưu đãi thuế đối với dự án đầu tư ngay từ kỳ tính thuế đầu tiên đó hoặc đăng ký với cơ quan thuế thời gian bắt đầu được hưởng ưu đãi thuế từ kỳ tính thuế tiếp theo. Trường hợp Công ty đăng ký thời gian ưu đãi thuế vào kỳ tính thuế tiếp theo thì phải xác định số thuế phải nộp của kỳ tính thuế đầu tiên để nộp vào ngân sách nhà nước theo quy định.