Trước ý kiến của một số cơ quan thuế, doanh nghiệp đề nghị hướng dẫn về việc giải quyết hoàn thuế GTGT đối với người nộp thuế có số thuế GTGT chưa khấu trừ hết 12 tháng liên tục trong giai đoạn chuyển tiếp của Luật số 106/2016/QH13 và khai bổ sung thuế GTGT trên hồ sơ khai thuế.

Tổng cục Thuế đã có công văn số 373/TCT-KK hướng dẫn rõ về vướng mắc trên.

Căn cứ vào các quy định pháp luật về thuế GTGT, Tổng cục Thuế nêu rõ, cơ quan thuế thực hiện hoàn thuế đối với trường hợp cơ sở kinh doanh có số thuế giá trị gia tăng (GTGT) chưa được khấu trừ hết phát sinh trước kỳ tính thuế tháng 7/2016 (kê khai theo tháng) hoặc trước kỳ tính thuế quý III/2016 (kê khai theo quý), nếu đáp ứng hướng dẫn tại khoản 1, Điều 18, Thông tư số 219/2013/TT-BTC.

Tổng cục Thuế yêu cầu các cục thuế thực hiện kiểm tra trước, hoàn thuế sau đối với các hồ sơ đề nghị hoàn thuế thuộc đối tượng rủi ro cao trong hoàn thuế.

Lãnh đạo Tổng cục Thuế quyết định không hoàn thuế đối với trường hợp tại hồ sơ khai thuế kỳ tính thuế tháng 6/2016 (kê khai theo tháng), hoặc kỳ tính thuế quý 2/2016 (kê khai theo quý), cơ sở kinh doanh không đề nghị hoàn số thuế GTGT đầu vào lũy kế chưa khấu trừ hết, đồng thời đã kê khai khấu trừ vào số thuế GTGT phải nộp của kỳ tính thuế tháng 7/2017 hoặc kỳ tính thuế quý II/2016.

Tuy nhiên, cơ sở kinh doanh được bù trừ vào số thuế GTGT phải nộp của các kỳ tiếp theo.

Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung chưa đúng hướng dẫn của công văn số 4943/TCT-KK nhưng không sai số thuế còn được khấu trừ, không làm sai số thuế đề nghị hoàn (người nộp thuế không khai vào chỉ tiêu điều chỉnh tăng, giảm số thuế GTGT đầu vào của các kỳ trước mà khai cào chỉ tiêu số còn khấu trừ kỳ trước chuyển qua hoặc điều chỉnh vào số thuế GTGT phát sinh trong kỳ) thì được hoàn thuế nếu đáp ứng đầy đủ các quy định về khấu trừ, hoàn thuế.