Riêng đối với Trưởng ban kiểm soát, Kiểm soát viên trong công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên do Nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ được thành lập và hoạt động theo quy định của Luật Chứng khoán, Luật các tổ chức tín dụng, Luật bảo hiểm tiền gửi, quỹ tài chính nhà nước ngoài ngân sách, tổ chức xử lý mua bán nợ của Nhà nước thì thực hiện theo quy định tại văn bản pháp luật đặc thù.

Tại Thông tư, Bộ Tài chính đã có thay đổi quy định về thời hạn trích lập quỹ tiền lương, thù lao của Trưởng ban kiểm soát, Kiểm soát viên như sau:

Một là, Công ty TNHH MTV phải chuyển 80% số tiền lương về quỹ tiền lương của Trưởng ban kiểm soát, Kiểm soát viên trước ngày 15 mỗi tháng (quy định tại Thông tư 221/2013/TT-BTC là trước ngày 15 tháng đầu của mỗi quý).

Hai là, Trưởng ban kiểm và kiểm sát viên sẽ được nhận 80% tiền lương trước ngày 20 hàng tháng (Thông tư 221/2013/TT-BTC không quy định cụ thể ngày trả lương).

Ba là, kết thúc năm tài chính, số tiền lương còn lại sẽ được công ty chuyển về quỹ tiền lương của Trưởng ban kiểm soát, Kiểm soát viên chậm nhất 15 ngày sau khi quyết toán quỹ tiền lương.

Về Quản lý quỹ tiền lương, thù lao, tiền thưởng của Trưởng ban kiểm soát và Kiểm soát viên, Thông tư quy định:

Thứ nhất, quỹ tiền lương, thù lao, tiền thưởng của Trưởng ban kiểm soát và Kiểm soát viên được theo dõi tại tài khoản riêng ở kho bạc nhà nước do đơn vị có chức năng quản lý tài chính kế toán thuộc các Bộ quản lý ngành, cơ quan thuộc Chính phủ, Cục Tài chính doanh nghiệp thuộc Bộ Tài chính, Sở Tài chính thuộc Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương làm chủ tài khoản (có tên chủ tài khoản, số tài khoản tại kho bạc nhà nước, mã số đơn vị quan hệ với ngân sách).

Người đứng tên chủ tài khoản là thủ trưởng đơn vị hoặc người được ủy quyền theo quy định, đồng thời cử cán bộ phụ trách kế toán để theo dõi tài khoản quỹ.

Đối với Quỹ tiền lương, thù lao tiền thưởng của Trưởng ban kiểm soát, Kiểm soát viên tại các công ty TNHH MTV thuộc Bộ Tài chính và Kiểm soát viên tài chính tại các tập đoàn kinh tế nhà nước do Cục Tài chính doanh nghiệp thuộc Bộ Tài chính làm chủ tài khoản.

Thứ hai, các đơn vị làm chủ tài khoản quỹ tiền lương, thù lao, tiền thưởng của Trưởng ban kiểm soát và Kiểm soát viên có trách nhiệm xây dựng quy chế quản lý, sử dụng, mở sổ sách kế toán để theo dõi các phát sinh liên quan đến tài khoản của quỹ, định kỳ hàng tháng (năm) có đối chiếu số phát sinh, số dư với kho bạc nhà nước.

Thứ ba, đối với Kiểm soát viên tài chính tại các tập đoàn kinh tế nhà nước, đến cuối kỳ kế toán, các đơn vị có chức năng quản lý tài chính kế toán thuộc các Bộ quản lý ngành, cơ quan thuộc Chính phủ, Cục Tài chính doanh nghiệp thuộc Bộ Tài chính, Sở Tài chính thuộc Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương, có trách nhiệm lập báo cáo quyết toán quỹ tiền lương, thù lao, tiền thưởng của Trưởng ban kiểm soát và Kiểm soát viên theo quy định, báo cáo Cơ quan đại diện chủ sở hữu, Bộ Tài chính  xem xét, phê duyệt.

Kết thúc năm tài chính, chậm nhất 15 ngày sau khi cơ quan đại diện chủ sở hữu, Bộ Tài chính (đối với Kiểm soát viên tài chính tại các tập đoàn kinh tế nhà nước) phải thực hiện quyết toán quỹ tiền lương, thù lao và tiền thưởng của Trưởng ban kiểm soát và Kiểm soát viên.

Trong trường hợp quỹ tiền lương, thù lao, tiền thưởng tại cơ quan đại diện chủ sở hữu và Bộ Tài chính còn số dư thì cơ quan đại diện chủ sở hữu và Bộ Tài chính có trách nhiệm chuyển trả số dư lại cho công ty TNHH MTV. Công ty TNHH MTV hạch toán số tiền nhận lại theo quy định về kế toán hiện hành.

Ngoài ra, Thông tư còn quy định việc công khai thông tin về tiền lương, thù lao tiền thưởng của Trưởng ban kiểm soát và Kiểm soát viên.

Thông tư nêu rõ, vào quý II của năm sau, cơ quan đại diện chủ sở hữu và Bộ Tài chính công khai quỹ tiền lương, thù lao, tiền thưởng, mức tiền lương, thù lao, tiền thưởng và thu nhập bình quân hàng tháng, năm (năm trước liền kề) của Trưởng ban kiểm soát, Kiểm soát viên trên trang thông tin điện tử của cơ quan đại diện chủ Sở hữu, Bộ Tài chính và gửi về Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội để tổng hợp theo dõi.