Việc tổ chức tham vấn nhằm thu thập ý kiến, tìm kiếm sáng kiến, giải pháp từ cộng đồng doanh nghiệp và các bên liên quan cho các vấn đề liên quan đến chức năng, nhiệm vụ của cơ quan Hải quan hiện nay cũng như tương lai; thống nhất xử lý các tồn tại về hải quan trên cơ sở hiểu biết, tin tưởng, hỗ trợ lẫn nhau giữa hải quan, doanh nghiệp và các bên liên quan.

Việc tham vấn được thực hiện ở cả 3 cấp gồm: Cấp Tổng cục Hải quan; cấp Cục Hải quan địa phương; cấp Chi cục. Trong đó, ở cấp Tổng cục sẽ tập trung vào vấn đề quan trọng, ở tầm hoạch định chính sách, pháp luật, quản lý vĩ mô; cấp cục sẽ thực hiện các vấn đề cụ thể như áp dụng cơ chế, chính sách, thực hiện quy trình thủ tục…; cấp chi cục sẽ tham vấn các vụ việc cụ thể và các vấn đề phát sinh do đặc điểm địa bàn quản lý.

Đối với Tổng cục Hải quan sẽ thực hiện tham vấn định kỳ 6 tháng/lần hoặc theo thỏa thuận với các bên liên quan hoặc những trường hợp đột xuất; ở cấp cục sẽ thực hiện định kỳ hàng quý hoặc theo thỏa thuận với các bên liên quan hoặc những trường hợp đột xuất khi có vấn đề cần tham vấn; cấp chi cục sẽ thực hiện thường xuyên khi có yêu cầu, vấn đề phát sinh.