Cụ thể, tại dự thảo Thông tư, có 11 nhóm vấn đề về thủ tục hải quan được sửa đổi, bổ sung Thông tư 38/2015/TT-BTC của Bộ Tài chính quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế  xuất khẩu (XK), thuế nhập khẩu (NK) và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đang được lấy ý kiến rộng rãi cộng đồng doanh nghiệp và người dân. 

Về hồ sơ hải quan, dự thảo thông tư bổ sung quy định “Hồ sơ người khai hải quan phải lưu giữ, cụ thể như sau:

Quy định Hồ sơ hải quan bao gồm: Tờ khai hải quan hàng hóa XK, NK; Giấy phép XK, NK đối với hàng hóa phải có giấy phép; Giấy thông báo miễn kiểm tra hoặc giấy thông báo kết quả kiểm tra của cơ quan kiểm tra chuyên ngành theo quy định của pháp luật; Hợp đồng mua bán hàng hóa hoặc các hình thức có giá trị tương đương; Chứng từ xác nhận tổ chức, cá nhân đủ điều kiện XK hàng hóa theo quy định của pháp luật về đầu tư: 01 bản chụp;

Ngoài ra hồ sơ còn có Chứng từ xác nhận hàng hóa đủ điều kiện XK theo quy định của pháp luật chuyên ngành: 01 bản chụp; Hóa đơn thương mại trong trường hợp người mua phải thanh toán cho người bán; Vận tải đơn hoặc các chứng từ vận tải khác có giá trị tương đương; Chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa; Phiếu đóng gói hàng hóa (nếu có); Tài liệu kỹ thuật, catalogue, bản phân tích thành phần, chứng thư giám định liên quan đến hàng hóa XK, NK (nếu có); 

Danh mục máy móc thiết bị và Phiếu theo dõi trừ lùi khi khai báo mã số đối với trường hợp phân loại máy liên hợp hoặc tổ hợp máy thuộc các Chương 84, 85 và 90 của Danh mục hàng hóa XK, NK Việt Nam và trường hợp phân loại máy móc, thiết bị ở dạng chưa lắp ráp hoặc tháo rời; Sổ, chứng từ kế toán theo quy định của pháp luật về kế toán; 

Quy trình sản xuất; các quy trình kiểm soát nội bộ của doanh nghiệp (nếu có); Kế hoạch sản xuất; Báo cáo quyết toán nhập-xuất-tồn về tình hình sử dụng nguyên liệu vật tư, máy móc, thiết bị, hàng hóa XK và chứng từ, tài liệu liên quan đến định mức thực tế để gia công, sản xuất sản phẩm XK.

Quy định về các chứng từ, hồ sơ có liên quan đến việc kiểm tra, xác định trị giá hải quan theo quy định tại Thông tư số 39/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính;

Về hồ sơ liên quan đến việc miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế XK, thuế NK, thuế giá trị gia tăng, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường.

Đồng thời Dự thảo Thông tư quy định người khai hải quan chịu trách nhiệm lưu giữ bản chính các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan quy định tại khoản 1 Điều này, nộp, xuất trình cho cơ quan Hải quan khi kiểm tra sau thông quan, thanh tra chuyên ngành.

Trường hợp đã nộp bản chính cho cơ quan Hải quan thì phải lưu bản sao hoặc trường hợp cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành và các tổ chức có liên quan thực hiện các thủ tục hành chính có liên quan đến hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thông qua Cổng thông tin một cửa quốc gia thì người khai hải quan lưu giữ dưới dạng điện tử hoặc chuyển đổi ra chứng từ giấy theo quy định của pháp luật về giao dịch điện tử.”.

Hiện nay, Theo quy định tại Khoản 3, Điều 3 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính về nộp, xác nhận và sử dụng các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan, hồ sơ thuế, có quy định về trường hợp bản chụp hoặc các chứng từ do người nước ngoài phát hành bằng hình thức điện tử, fax, telex hoặc các chứng từ, tài liệu do người khai hải quan, người nộp thuế phát hành thì người khai hải quan, người nộp thuế phải xác nhận, ký tên, đóng dấu và chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực và hợp pháp của các chứng từ đó. Nên việc sử dụng chữ ký điện tử dạng khắc sẵn trên các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan không được chấp nhận.