Tổng cục Thuế cho biết, tại khoản 23 Điều 4 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về đối tượng không chịu thuế GTGT:

“23. Sản phẩm xuất khẩu là tài nguyên, khoáng sản khai thác chưa chế biến thành sản phẩm khác.

Tài nguyên, khoáng sản khai thác chưa chế biến thành sản phẩm khác, bao gồm cả khoáng sản đã qua sàng, tuyển, xay, nghiền, xử lý nâng cao hàm lượng, hoặc tài nguyên đã qua công đoạn cắt, xẻ.

Ví dụ 9: Cơ sở kinh doanh B xuất khẩu đá vôi trắng dạng hạt và dạng bột thì sản phẩm đá vôi trắng dạng hạt và dạng bột xuất khẩu thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Trường hợp cơ sở kinh doanh xuất khẩu bột đá siêu mịn (theo tiêu chuẩn của cơ quan có thẩm quyền), bột đá siêu mịn có tráng phủ axít, các sản phẩm này được xác định là sản phẩm đã qua chế biến thành sản phẩm khác thì khi xuất khẩu không thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.” 

Căn cứ quy định tại khoản 2, khoản 4c Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào:

“2. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ (kể cả tài sản cố định) sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT thì chỉ được khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ; trường hợp không hạch toán riêng được thì thuế đầu vào được khấu trừ tính theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu chịu thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra không hạch toán riêng được.

4. Khấu trừ thuế GTGT trong một số trường hợp cụ thể như sau:

c) Đối với cơ sở sản xuất kinh doanh có dự án đầu tư, bao gồm cả cơ sở sản xuất, kinh doanh mới thành lập, vừa đầu tư vào sản xuất kinh doanh hàng hóa dịch vụ không chịu thuế GTGT, vừa đầu tư vào sản xuất kinh doanh hạng hóa dịch vụ chịu thuế GTGT thì sốthuế GTGT đầu vào của tài sản cố định trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản được tạm khấu trừ theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra theo phương án sản xuất, kinh doanh của cơ sở kinh doanh, số thuế tạm khấu trừ được điều chỉnh theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra trong ba năm kể từ năm đầu tiên có doanh thu.” 

Căn cứ các hướng dẫn nêu trên, Tổng cục Thuế thống nhất với ý kiến xử lý của Cục Thuế TP. Hải Phòng nêu tại Công văn số 1963/CT-KT2 ngày 23/8/2016.