Theo đó, tại Điều 22, Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/3/2014 của Bộ Tài chính có quy định sử dụng hóa đơn bất hợp pháp là việc sử dụng hóa đơn giả, hóa đơn chưa có giá trị sử dụng, hết giá trị sử dụng;

Căn cứ điểm c, khoản 5, Điều 10 Thông tư số 156/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính có quy định chung về khai thuế, tính thuế: Khai bổ sung hồ sơ khai thuế; Các trường hợp khai bổ sung hồ sơ khai thuế; Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm giảm số thuế GTGT chưa khấu trừ hết của kỳ tính thuế có sai sót thì lập hồ sơ khai bổ sung.

Trường hợp người nộp thuế chưa dừng khấu trừ chưa đề nghị hoàn thuế thì số tiền thuế điều chỉnh giảm khấu trừ của kỳ sai sót khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế GTGT của kỳ lập hồ sơ khai thuế hiện tại.

Ví dụ: Công ty H vào tháng 8/2014 lập hồ sơ khai bổ sung của hồ sơ khai thuế GTGT tháng 01/2014 làm giảm số thuế GTGT chưa khấu trừ hết từ 200 triệu đồng xuống còn 100 triệu đồng thì người nộp thuế không phải nộp số thuế GTGT 100 triệu đồng và không phải tính chậm nộp, mà điều chỉnh giảm số thuế GTGT không được khấu trừ của tháng 01/2014 là 100 triệu đồng vào tờ khai thuế GTGT của tháng 7/2014 (nếu còn trong thời hạn khai thuế) hoặc tháng 8/2014, tháng lập hồ sơ kê khai bổ sung, điều chỉnh (kê khai vào chỉ tiêu - Điều chỉnh giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước).

Hồ sơ Công ty H nộp cho cơ quan thuế gồm: Tờ khai thuế GTGT tháng 01/2014 đã điều chỉnh giảm số thuế GTGT chưa khấu trừ hết 100 triệu đồng; Bản giải trình khai bổ sung, điều chỉnh mẫu 01/KHBS làm giảm số thuế GTGT chưa khấu trừ hết 100 triệu đồng của kỳ tính thuế GTGT tháng 01/2014; Tài liệu kèm theo giải thích số liệu trong Bản giải trình khai bổ sung, điều chỉnh (nếu có).

Tại Công văn số 4943/TCT-KK ngày 23/11/2015 của Tổng cục thuế về hướng dẫn một số vướng mắc về khai thuế và khai bổ sung hồ sơ khai thuế có hướng dẫn: Trường hợp trong quá trình thanh tra, kiểm tra việc chấp hành nghĩa vụ thuế tại trụ sở người nộp thuế; đoàn thanh tra, kiểm tra phát hiện tăng số thuế GTGT phải nộp hoặc giảm số thuế GTGT được khấu trừ thì xác định lại nghĩa vụ thuế GTGT của người nộp thuế kể từ kỳ tính thuế phát hiện tăng số thuế GTGT phải nộp hoặc giảm số thuế GTGT được khấu trừ đến hết thời kỳ thanh tra, kiểm tra và xử lý vi phạm theo quy định.

Ví dụ: Tháng 8/2015, trong quá trình kiểm tra việc chấp hành pháp luật thuế năm 2014 tại Công ty X, cơ quan thuế phát hiện Điều chỉnh giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ trên tờ khai tháng 7/2014 từ 200 triệu đồng xuống còn 100 triệu thì cơ quan thuế xác định lại nghĩa vụ thuế GTGT từ tháng 07/2014 theo số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau là 100 triệu đồng đến hết thời kỳ kiểm tra (tháng 12/2014) và xử lý vi phạm theo quy định.

Tại Điểm 3.2 Mục V Thông tư số 20/2006/TT-BTC ngày 20/3/2006 của Bộ Tài chính hướng dẫn kế toán thực hiện sáu (06) chuẩn mực kế toán ban hành theo Quyết định số 12/2005/QĐ-BTC ngày 15/02/2005 của Bộ trưởng Bộ Tài chính có quy định: Những sai sót của năm hiện tại được phát hiện trong năm đó phải được điều chỉnh trước khi công bố báo cáo tài chính; Sai sót trọng yếu của các năm trước phải được điều chỉnh bằng cách điều chỉnh hồi tố kể từ năm có sai sót phát sinh, trừ khi không thể xác định được ảnh hưởng của sai sót của từng năm hay ảnh hưởng lũy kế của sai sót; Sai sót không trọng yếu của các năm trước được sửa chữa bằng cách điều chỉnh phi hồi tố vào báo cáo tài chính năm hiện tại.

Theo hướng dẫn tại đoạn 9, Chuẩn mực kiểm toán Việt Nam số 320 thì thuật ngữ trọng yếu được hiểu như sau:

Trọng yếu: là thuật ngữ dùng để thể hiện tầm quan trọng của một thông tin (một số liệu kế toán) trong báo cáo tài chính. Thông tin được coi là trọng yếu có nghĩa là nếu thiếu thông tin đó hoặc thiếu tính chính xác của thông tin đó sẽ ảnh hưởng đến các quyết định kinh tế của người sử dụng báo cáo tài chính.

Mức trọng yếu: Là một mức giá trị do kiểm toán viên xác định tùy thuộc vào tầm quan trọng và tính chất của thông tin hay sai sót được đánh giá trong hoàn cảnh cụ thể. Mức trọng yếu là một ngưỡng, một điểm chia cắt chứ không phải là nội dung của thông tin cần phải có. Tính trọng yếu của thông tin phải được xem xét cả trên phương diện định lượng và định tính.

Tại Khoản 23 Chuẩn mực kế toán số 29 ban hành và công bố theo Quyết định số 12/2005/QĐ-BTC ngày 15/02/2005 của Bộ trưởng Bộ Tài chính:

Doanh nghiệp phải điều chỉnh hồi tố những sai sót trọng yếu liên quan đến các kỳ trước vào báo cáo tài chính phát hành ngay sau thời điểm phát hiện ra sai sót bằng cách: Điều chỉnh lại số liệu so sánh nếu sai sót thuộc kỳ lấy số liệu so sánh; hoặc Điều chỉnh số dư đầu kỳ của tài sản, nợ phải trả và các khoản mục thuộc vốn chủ sở hữu của kỳ lấy số liệu so sánh, nếu sai sót thuộc kỳ trước kỳ lấy số liệu so sánh.

Căn cứ theo quy định nêu trên, trường hợp trong năm 2017 Công ty có nhận các hóa đơn đầu vào của nhà cung cấp dịch vụ bảo vệ thay thế cho các hóa đơn đầu vào bất hợp pháp (hóa đơn đã không còn giá trị sử dụng) đã lập trong năm 2016, thì Công ty thực hiện kê khai, điều chỉnh như sau:

Về thuế GTGT: Nếu Công ty chưa được cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế thì Công ty lập tờ khai bổ sung, điều chỉnh theo mẫu 01/KHBS (kèm theo Bản giải trình khai bổ sung, điều chỉnh) của kỳ khai thuế phát sinh sai sót và thực hiện kê khai điều chỉnh giảm thuế GTGT đầu vào tại chỉ tiêu 37 của kỳ khai thuế hiện tại. Nếu trong tháng Công ty có lập hồ sơ khai bổ sung điều chỉnh tại kỳ khai thuế phát sinh sai sót làm giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ và điều chỉnh giảm thuế GTGT đầu vào tại chỉ tiêu 37 của kỳ khai thuế hiện tại có phát sinh số thuế GTGT phải nộp thì Công ty tự xác định số tiền phạt chậm nộp để nộp vào ngân sách nhà nước theo quy định hiện hành.

Trường hợp Công ty đã có quyết định thanh tra, kiểm tra và ban hành kết luận, quyết định xử lý về thuế liên quan đến tăng, giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ thì người nộp thuế thực hiện khai điều chỉnh vào hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế nhận được kết luận, quyết định xử lý về thuế theo kết luận, quyết định xử lý về thuế của cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền.

Về thuế TNDN: Công ty tự xác định được điều chỉnh vào số liệu Báo cáo tài chính của năm phát sinh hóa đơn bất hợp pháp (hóa đơn đã không còn giá trị sử dụng) nếu sai sót trên là trọng yếu, nếu sai sót trên là không trọng yếu thì Công ty không điều chỉnh lại báo cáo tài chính năm hiện tại theo hướng dẫn tại Chuẩn mực kế toán số 29 nêu trên.