Tại công văn 33557 này, Bộ Tài chính đã sửa đổi và bãi bỏ nhiều qui định tại các văn bản qui phạm pháp luật đưa ra trước đó, nhằm đảm bảo quản lý chi hoàn thuế giá trị gia tăng chặt chẽ, đúng quy định của pháp luật. Đặc biệt, việc sửa đổi này đưa ra những thay đổi quan trọng, tạo nhiều điều kiện thuận lợi hơn cho việc hoàn thuế GTGT của doanh nghiệp.

Theo đó, Công văn của Bộ Tài chính hướng dẫn như sau:

Về việc tiếp nhận, phân loại giải quyết hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng:Cơ quan thuế tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế, phân loại giải quyết hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng theo đúng hướng dẫn tại Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính.

Trường hợp, trong quá trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế, phát hiện người nộp thuế có dấu hiệu vi phạm pháp luật thuế, pháp luật hải quan hoặc trường hợp nếu người nộp thuế không giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế hoặc có giải trình, bổ sung nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng, cơ quan thuế thay đổi việc áp dụng hình thức phân loại hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế đang thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau sang thuộc diện hồ sơ kiểm tra trước hoàn thuế sau; việc phê duyệt thay đổi áp dụng hình thức phân loại phải được cập nhật vào hệ thống thông tin nghiệp vụ và phải được thông báo cho doanh nghiệp theo đúng quy định tại điểm 2 khoản 18 Điều 1 Luật 21/2012/QH13 ngày 20/11/2012 sửa đổi bổ sung Điều 60 của Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH11 ngày 29/14/2006.

Công văn nêu rõ: “Cục trưởng Cục Thuế chịu trách nhiệm về Quyết định hoàn thuế và tổ chức thực hiện việc giải quyết hoàn thuế theo đúng trách nhiệm, thẩm quyền quy định Khoản 3 Điều 58 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính và Quy trình hoàn thuế của Tổng cục Thuế; rà soát các trường hợp thường xuyên phát sinh hoàn thuế và phân cấp Cục Thuế trực tiếp quản lý thuế theo hướng dẫn tại Thông tư 127/2015/TT-BTC ngày 21/8/2015 của Bộ Tài chính hướng dẫn cấp mã số doanh nghiệp thành lập mới và phân công cơ quan thuế quản lý đối với doanh nghiệp.”

Đồng thời, để thực hiện quy định tại khoản 3 Điều 23 Thông tư số 204/2015/TT-BTC ngày 21/12/2015 về quản lý rủi ro trong hoàn thuế GTGT, Bộ Tài chính hướng dẫn: Thứ nhất, Cục Thuế phải thực hiện cập nhật đầy đủ tờ khai thuế, hồ sơ đề nghị hoàn thuế và các thông tin liên quan đến quá trình giải quyết hoàn thuế cho người nộp thuế (Phiếu đề xuất hoàn thuế, biên bản kiểm tra (đối với trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế, văn bản thẩm định hồ sơ đề nghị hoàn thuế), dự thảo quyết định hoàn thuế vào Hệ thống quản lý thuế của ngành thuế (TMS, TTR), đồng thời, gửi Danh sách đề nghị phê duyệt Quyết định hoàn thuế GTGT theo mẫu Phụ lục 1 ban hành kèm công văn này về Tổng cục Thuế qua hệ thống thư điện tử (HoanthueTCT@gdt.gov.vn).

Thứ hai, kể từ thời điểm nhận được Danh sách đề nghị phê duyệt Quyết định hoàn thuế GTGT của Cục Thuế, Tổng cục Thuế có trách nhiệm giám sát, kiểm tra hồ sơ giải quyết hoàn thuế trên Hệ thống quản lý thuế của ngành thuế (TMS, TTR) theo quy định tại điểm a nêu trên. Trường hợp Cục Thuế đã thực hiện đầy đủ, đúng quy định, trong thời gian không quá 6 giờ làm việc, Tổng cục Thuế Thông báo kết quả giám sát hoàn thuế GTGT (hồ sơ đủ điều kiện ban hành Quyết định hoàn thuế hoặc hồ sơ không đủ điều kiện ban hành Quyết định hoàn thuế) theo mẫu Phụ lục 2 ban hành kèm công văn này, gửi Cục Thuế qua hệ thống thư điện tử. Căn cứ kết quả Thông báo của Tổng cục Thuế, Cục Thuế ban hành quyết định hoàn thuế và tự động cập nhật hệ thống cơ sở dữ liệu về người nộp thuế quyết định này.

Thứ ba, Tổng cục Thuế kiểm tra, xác định xác định hồ sơ đủ điều kiện ban hành Quyết định hoàn thuế nếu: Hồ sơ khai thuế GTGT, Văn bản đề nghị hoàn thuế GTGT của người nộp thuế được thực hiện đúng quy định của pháp luật về thuế GTGT và pháp luật về quản lý thuế, đồng thời, được cập nhật đầy đủ vào Hệ thống quản lý thuế của ngành thuế (TMS); Phiếu đề xuất hoàn thuế, biên bản kiểm tra (đối với trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế, văn bản thẩm định hồ sơ đề nghị hoàn thuế), dự thảo quyết định hoàn thuế được thực hiện đảm bảo đúng trình tự và đúng thẩm quyền quy định tại Luật quản lý thuế, các văn bản hướng dẫn thi hành Luật, văn bản hướng dẫn của Bộ Tài chính và theo quy trình hoàn thuế; Thời gian giám sát, kiểm tra hồ sơ hoàn thuế của Tổng cục Thuế không tính trong thời gian giải quyết hồ sơ hoàn thuế của Cục Thuế.

Về thực hiện kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước kiểm tra sau.Công văn của Bộ Tài chính hướng dẫn: Căn cứ kế hoạch thanh tra, kiểm tra của từng Cục Thuế, Tổng cục Thuế có trách nhiệm giao cụ thể chỉ tiêu kế hoạch thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước kiểm tra sau và đảm bảo theo đúng quy định tại Điều 23 Thông tư 204/2015/TT-BTC và theo đúng quy định của pháp luật.

Bộ Tài chính cũng yêu cầu tiếp tục thực hiện nghiêm các quy định về công tác quản lý hoàn thuế GTGT theo quy định của pháp luật về quản lý thuế và theo hướng dẫn tại các công văn của Bộ Tài chính (như: Công văn số 10492/BTC-TCT ngày 30/7/2015 của Bộ Tài chính về việc tăng cường công tác quản lý hoàn thuế GTGT (trừ nội dung đã được sửa đổi tại điểm 3 của công văn số 18832/BTC-TCT ngày 17/12/2015); Công văn số 11797/BTC-TCT ngày 22/8/2014 về việc hướng dẫn và bổ sung nội dung công văn số 1752/BTC-TCT; Công văn 12485/BTC-TCT ngày 18/9/2013 về việc tăng cường công tác quản lý thuế, hải quan liên quan đến hoàn thuế GTGT hàng hoá xuất khẩu qua biên giới đất liền; Công văn số 10024/BTC-TCT ngày 22/7/2014 về một số biện pháp tăng cường công tác quản lý thuế, hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu qua biên giới đất liền; Công văn số 1752/BTC-TCT ngày 10/2/2014 về việc tăng cường quản lý thuế đối với các doanh nghiệp có rủi ro cao về thuế; Công văn số 875/BTC-TCT ngày 17/01/2014 về việc hướng dẫn hoàn thuế GTGT hàng hoá xuất khẩu qua cửa khẩu phụ, lối mở biên giới đất liền và các công văn của Bộ Tài chính về tăng cường quản lý hoàn thuế GTGT đã ban hành năm 2013 trở về trước.

Điều đáng chú ý, tại công văn 33557 này, Bộ Tài chính đã bãi bỏ quy định nêu tại các điểm 1, 2, 4 và 5 của công văn số 18832/BTC-TCT ngày 17/12/2015 về việc hướng dẫn sửa đổi, bổ sung công văn số 10492/BTC-TCT và công văn số 13822/BTC-TCT của Bộ Tài chính; Bãi bỏ quy định nêu tại các điểm 3 (khổ thứ hai), 4, 5, 6 của công văn số 13822/BTC-TCT ngày 02/10/2015 về việc quản lý đúng quy định pháp luật chi hoàn thuế GTGT.

Việc bãi bỏ một số điểm nêu trên – nhất là bãi bỏ qui định nêu tại điểm 4 của CV 13822 là: ”Đối với các doanh nghiệp còn đang nợ tiền thuế và các khoản thu ngân sách nhà nước, Cục Thuế thực hiện đôn đốc doanh nghiệp nộp đủ số thuế và các khoản thu ngân sách nhà nước còn nợ trước khi giải quyết hoàn thuế” – bãi bỏ qui định này có thể mở ra cho doanh nghiệp được bù trừ giữa số thuế phải nộp và số thuế được hoàn trong thời gian tới./.