Khoản 3 Điều 1 Luật số 106/2016/QH13 ngày 06/4/2016 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng (GTGT) quy định: Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng hoặc trong quý thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo.

Trường hợp cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ và có số thuế còn lại từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT.

Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế GTGT mà được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư sang kỳ tiếp theo đối với các trường hợp sau:

- Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ số vốn Điều lệ như đã đăng ký; kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có Điều kiện khi chưa đủ các Điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật đầu tư hoặc không bảo đảm duy trì đủ Điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động;

- Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 1/7/2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên theo dự án đầu tư.

Tại khoản 6 Điều 1 Nghị định 100/2016/NĐ-CP ngày 01/7/2016 của Chính phủ cũng quy định cụ thể về hoàn thuế GTGT đối với cơ sở kinh doanh như sau:

Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, nếu thời gian đầu tư từ 01 năm trở lên thì được hoàn thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm. Trường hợp, nếu số thuế GTGT lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT.

Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế GTGT mà được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo pháp luật về đầu tư sang kỳ tiếp theo đối với các trường hợp sau:

- Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện khi chưa đủ các điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật Đầu tư quy định tại Điểm a khoản 1 Điều 13 Luật thuế GTGT đã được sửa đổi, bổ sung tại Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT, Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế là dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng cơ sở kinh doanh chưa được cấp giấy phép kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; Chưa được cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; Chưa có văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép đầu tư kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; Hoặc chưa đáp ứng được điều kiện để thực hiện đầu tư kinh doanh có điều kiện mà không cần phải có xác nhận, chấp thuận dưới hình thức văn bản theo quy định của pháp luật về đầu tư.

- Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 1/7/2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên theo dự án đầu tư.

Về vấn đề hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư cũng được hướng dẫn tại Khoản 3 Điều 1 Thông tư 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn cụ thể:

Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, nếu thời gian đầu tư từ 01 năm trở lên thì được hoàn thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm, trừ trường hợp hướng dẫn tại Điểm c Khoản 3 Điều này.

Trường hợp, số thuế GTGT lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT.

Cơ sở kinh doanh sẽ không được hoàn thuế GTGT và được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo pháp luật về đầu tư sang kỳ tiếp theo đối với các trường hợp sau:

- Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ số vốn điều lệ như đã đăng ký theo quy định của pháp luật. Các hồ sơ đề nghị hoàn thuế dự án đầu tư nộp từ ngày 01/7/2016 của cơ sở kinh doanh nhưng tính đến ngày nộp hồ sơ không góp đủ số vốn điều lệ như đăng ký theo quy định của pháp luật thì không được hoàn thuế.

- Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01/7/2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên theo dự án đầu tư.

Việc xác định tài nguyên, khoáng sản; trị giá tài nguyên, khoáng sản và thời điểm xác định trị giá tài nguyên, khoáng sản và chi phí năng lượng thực hiện theo hướng dẫn tại khoản 23 Điều 4 Thông tư 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính. Theo đó, tỷ trọng trị giá tài nguyên, khoáng sản và chi phí năng lượng trên giá thành được thực hiện theo công thức sau:

Trong đó: Trị giá tài nguyên, khoáng sản là giá vốn tài nguyên, khoáng sản đưa vào chế biến; đối với tài nguyên, khoáng sản trực tiếp khai thác là chi phí trực tiếp, gián tiếp khai thác ra tài nguyên, khoáng sản; đối với tài nguyên, khoáng sản mua để chế biến là giá thực tế mua cộng chi phí đưa tài nguyên, khoáng sản vào chế biến; Chi phí năng lượng gồm: nhiên liệu, điện năng, nhiệt năng; Trị giá tài nguyên, khoáng sản và chi phí năng lượng được xác định theo giá trị ghi sổ kế toán phù hợp với Bảng tổng hợp tính giá thành sản phẩm; Giá thành sản xuất sản phẩm bao gồm: Chi phí nguyên vật liệu trực tiếp, chi phí nhân công trực tiếp và chi phí sản xuất chung.

Các chi phí gián tiếp như chi phí bán hàng, chi phí quản lý, chi phí tài chính và chi phí khác không được tính vào giá thành sản xuất sản phẩm.

Việc xác định trị giá tài nguyên, khoáng sản, chi phí năng lượng và giá thành sản xuất sản phẩm căn cứ vào quyết toán năm trước; trường hợp DN mới thành lập chưa có báo cáo quyết toán năm trước thì căn cứ vào phương án đầu tư.

Từ những quy định trên, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau: Đối với dự án đầu tư của DN mới thành lập để sản xuất sản phẩm từ tài nguyên, khoáng sản thì Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương hướng dẫn xác định trị giá tài nguyên, khoáng sản, chi phí năng lượng và giá thành sản xuất căn cứ vào phương án đầu tư.

Trường hợp xác định sản phẩm sản xuất từ tài nguyên, khoáng sản có tỷ lệ giá trị tài nguyên, khoáng sản, chi phí năng lượng trên giá thành sản xuất dưới 51% thì xử lý hoàn thuế theo quy định.