Tại khoản 6 Điều 1 Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01/7/2016 của Chính phủ quy định về hoàn thuế GTGT, các cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế giá trị gia tăng mà được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo pháp luật về đầu tư sang kỳ tiếp theo đối với các trường hợp:

Thứ nhất, dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện khi chưa đủ các điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật đầu tư quy định tại điểm a khoản 1 Điều 13 Luật thuế GTGT đã được sửa đổi, bổ sung tại Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT, Luật thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật quản lý thuế là dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng cơ sở kinh doanh chưa được cấp giấy phép kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện;

Thứ hai, trường hợp chưa được cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện;

Thứ ba, trường hợp chưa có văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép đầu tư kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; hoặc chưa đáp ứng được điều kiện để thực hiện đầu tư kinh doanh có điều kiện mà không cần phải có xác nhận, chấp thuận dưới hình thức văn bản theo quy định của pháp luật về đầu tư.

Theo Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư  quy định về trường hợp được hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư thì cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế giá trị gia tăng mà được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo pháp luật về đầu tư sang kỳ tiếp theo đối với các trường hợp:

Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ số vốn điều lệ như đã đăng ký theo quy định của pháp luật. Các hồ sơ đề nghị hoàn thuế dự án đầu tư nộp từ ngày 01/7/2017 của cơ sở kinh doanh nhưng tính đến ngày nộp hồ sơ không góp đủ số vốn điều lệ như đăng ký theo quy định của pháp luật thì không được hoàn thuế.