Trả lời Công văn số 1102/CT-TTHT ngày 15/05/2017 và Công văn số 901/CT-TTHT của Cục Thuế tỉnh Long An về việc giải quyết hoàn thuế hàng xuất khẩu đối với Công ty Cổ phần Thực phẩm Agrex Sài Gòn, Tổng cục Thuế cho biết, theo Điều 11 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và thi hành một số điều của Luật thuế GTGT thì người nộp thuế kê khai, nộp thuế GTGT tại địa phương nơi sản xuất, kinh doanh.

Người nộp thuế kê khai, nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc đóng trên địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính thì phải nộp thuế GTGT tại địa phương nơi có cơ sở sản xuất và địa phương nơi đóng trụ sở chính.

Bên cạnh đó, theo Điểm d khoản 1 Điều 11 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/07/2013 của Chính phủ hướng dẫn khai thuế GTGT thì trường hợp người nộp thuế kê khai, nộp thuế theo phương pháp khấu trừ có cơ sở sản xuất trực thuộc (bao gồm cả cơ sở gia công, lắp ráp) không trực tiếp bán hàng, không phát sinh doanh thu đóng trên địa bàn cấp tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính thì:

Nếu cơ sở sản xuất trực thuộc có hạch toán kế toán thì phải đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ tại địa phương nơi sản xuất, khi điều chuyển bán thành phẩm hoặc thành phẩm, kể cả xuất cho trụ sở chính phải sử dụng hóa đơn GTGT làm căn cứ kê khai, nộp thuế tại địa phương nơi sản xuất.

Nếu cơ sở sản xuất trực thuộc không thực hiện hạch toán kế toán thì người nộp thuế thực hiện khai thuế tại trụ sở chính và nộp thuế cho các địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc.

Số thuế GTGT phải nộp cho các địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc được xác định theo tỷ lệ 2% (đối với hàng hóa chịu thuế suất thuế GTGT 10%) hoặc theo tỷ lệ 1% (đối với hàng hoá chịu thuế suất thuế GTGT 5%) trên doanh thu theo giá chưa có thuế GTGT của sản phẩm sản xuất ra.

Việc xác định doanh thu của sản phẩm sản xuất ra được xác định trên cơ sở giá thành sản phẩm hoặc doanh thu của sản phẩm cùng loại tại địa phương nơi có cơ sở sản xuất.

Theo trình bày của Cục Thuế tỉnh Long An tại Công văn số 1102/CT-TTHT  và Công văn số 901/CT-TTHT, Công ty Cổ phần Thực phẩm Agrex Sài Gòn có trụ sở chính tại tỉnh Long An đã thành lập Chi nhánh tại TP. Hồ Chí Minh; Trụ sở chính tại tỉnh Long An chưa xây dựng, không thực hiện hoạt động sản xuất kinh doanh, toàn bộ hoạt động sản xuất kinh doanh được thực hiện tại Chi nhánh ở TP. Hồ Chí Minh; 95% sản phẩm sản xuất được xuất khẩu; Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh đã có Công văn số 12917/CT-TTHT ngày 30/12/2016 trả lời Công ty về việc kê khai thuế của Chi nhánh.

Căn cứ quy định trên và trình bày của Cục Thuế tỉnh Long An, Tổng cục Thuế thống nhất với ý kiến đề xuất của Cục Thuế tỉnh Long An tại Công văn số 901/CT-TTHT.