Để Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp sử dụng đúng mục đích, phát huy hiệu quả của nguồn vốn này, ngày 28/6/2016 Bộ Tài chính và Bộ Khoa học và công nghệ đã ban hành Thông tư liên tịch số 12/2016/TTLT-BKHCN-BTC hướng dẫn về nội dung chi và quản lý Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp.

Với 4 chương 18 điều, Thông tư đã quy định trách nhiệm, quyền hạn của tổ chức, cá nhân trong việc quản lý quỹ; việc thành lập Hội đồng khoa học và công nghệ của doanh nghiệp; các nội dung chi của quỹ; việc quản lý tài chính quỹ và xử lý Quỹ khi doanh nghiệp không sử dụng, sử dụng không hết hoặc sử dụng không đúng mục đích. Theo đó, một số điểm đã được quy định rất chi tiết, giúp cho Doanh nghiệp dễ dàng trong việc thực hiện, cụ thể là:

Về nguồn hình thành: Quỹ phát triển khoa học và công nghệ được hình thành từ hai nguồn. Đó là từ nguồn thu nhập tính thuế TNDN trong kỳ tính thuế và nguồn điều chuyển từ Quỹ trong nội bộ Tổng công ty, giữa công ty mẹ các công ty con hoặc doanh nghiệp thành viên. Đối với nguồn trích từ thu nhập thì Doanh nghiệp tự quyết định mức trích quỹ nhưng tối đa không quá 10% thu nhập chịu thuế. Riêng đối với doanh nghiệp nhà nước thì tỷ lệ trích từ 3% đến 10% và phải căn cứ vào khả năng và nhu cầu sử dụng nguồn vốn cho hoạt động khoa học và công nghệ của doanh nghiệp.

Về trách nhiệm và quyền hạn quản lý Quỹ: các doanh nghiệp có trách nhiệm sử dụng quỹ theo đúng quy định và hiệu quả; xây dựng và trình cấp có thẩm quyền của DN phê duyệt kế hoạch thu, chi tài chính hàng năm của quỹ; quản lý và sử dụng quỹ để thực hiện các hoạt động KHCN theo kế hoạch đã được phê duyệt; kiểm tra đánh giá việc thực hiện các hoạt động và sử dụng kinh phí của quỹ.

Về nội dung chi của quỹ: Quỹ được sử dụng cho các hoạt động sau:

Thứ nhất, Quỹ dùng để chi cho việc thực hiện các nhiệm vụ khoa học và công nghệ cấp quốc gia, cấp bộ, cấp tỉnh và của doanh nghiệp. Riêng phần chi tại doanh nghiệp phải được thực hiện được thực hiện theo Quy chế khoa học và công nghệ của doanh nghiệp.

Thứ hai, Quỹ dùng để hỗ trợ phát triển KHCN của doanh nghiệp như: trang bị cơ sở vật chất kỹ thuật cho KHCN; mua quyền sử dụng, quyền sở hữu, bí quyết công nghệ; mua máy móc, thiết bị có kèm theo các đối tượng chuyển giao công nghệ; trả tiền công, chi thuê chuyên gia hoặc hợp đồng với tổ chức khoa học và công nghệ để thực hiện các hoạt động KHCN của doanh nghiệp; chi cho các hoạt động sáng kiến; chi cho đánh giá, thử nghiệm, kiểm chuẩn; chi phí quảng bá, thương mại hóa sản phẩm mới, công nghệ mới; đăng ký quyền sở hữu trí tuệ…

Thứ ba, Quỹ được sử dụng để chi cho đào tạo nhân lực khoa học và công nghệ của doanh nghiệp.

Thứ tư, Quỹ cũng được sử dụng cho các hoạt động hợp tác về khoa học và công nghệ của Doanh nghiệp như hoạt động khảo sát, tìm kiếm đối tác, nhu cầu công nghệ trong nước và ngoài nước; các nhiệm vụ hợp tác nghiên cứu chung theo lĩnh vực khoa học và công nghệ được nhà nước khuyến khích, ưu tiên.

Về Quản lý Quỹ: Quỹ chỉ được sử dụng cho hoạt động đầu tư khoa học và công nghệ của doanh nghiệp. Doanh nghiệp không được sử dụng nguồn vốn của Quỹ để đầu tư cho các hoạt động khác. Các khoản chi từ Quỹ phải có đầy đủ hoá đơn, chứng từ theo quy định và không được hạch toán vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế trong kỳ tính thuế. Đối với tài sản hình thành từ quỹ, doanh nghiệp phải lập hồ sơ tài sản cố định để theo dõi quản lý theo quy định và không phải trích khấu hao tài sản cố định.

Thông tư cũng hướng dẫn rõ trường hợp xử lý Quỹ khi doanh nghiệp không sử dụng, sử dụng không hết và sử dụng không đúng mục đích, trong đó có quy định: trong thời hạn 5 năm, kể từ khi trích lập, tổng số tiền đã sử dụng không hết 70% số quỹ đã trích lập hoặc trong thời gian trích lập mà sử dụng quỹ không đúng mục đích, thì doanh nghiệp phải nộp NSNN phần thuế TNDN tính trên số quỹ còn lại hoặc phần quỹ sử dụng không đúng, đồng thời phải nộp cả phần lãi phát sinh từ số thuế TNDN phải nộp đó. Doanh nghiệp không được tính trừ vào thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp đối với số tiền lãi phát sinh từ số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp

Thông tư cũng có quy định hàng năm doanh nghiệp phải lập báo cáo trích lập điều chuyển và sử dụng Quỹ và gửi đến cho cơ quan thuế, sở khoa học và công nghệ, Sở Tài chính. Thời hạn nộp báo cáo cùng thời điểm nộp tờ khai quyết toán thuế TNDN năm của doanh nghiệp.

Thông tư có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01 tháng 9 năm 2016 và áp dụng cho việc trích lập, quản lý và sử dụng Quỹ khoa học và công nghệ tại doanh nghiệp từ kỳ tính thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2016.