Thông tư số 02/2022/TT-BTC ngày 11/1/2022 của Bộ Tài chính đã quy định người nộp phí là tổ chức, cá nhân đề nghị cơ quan nhà nước có thẩm quyền ở Trung ương thực hiện thẩm định cấp, cấp lại, điều chỉnh giấy phép môi trường.

Bộ Tài nguyên và Môi trường, Bộ Công an, Bộ Quốc phòng hoặc các cơ quan nhà nước được giao thực hiện thẩm định cấp, cấp lại, điều chỉnh giấy phép môi trường theo quy định là tổ chức thu phí. Tổ chức thu phí nộp toàn bộ số tiền thu được vào ngân sách nhà nước (NSNN). Nguồn chi phí trang trải cho việc thực hiện thẩm định và thu phí do NSNN bố trí trong dự toán. Trường hợp tổ chức thu phí là cơ quan nhà nước được khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí được trích lại 90% số tiền phí thu được để trang trải chi phí cho các nội dung chi; nộp 10% về NSNN.

Mức thu phí thẩm định cấp, cấp lại, điều chỉnh giấy phép môi trường do cơ quan trung ương thực hiện được quy định tại biểu mức thu phí thẩm định cấp giấy phép môi trường.

Thông tư số 02/2022/TT-BTC cũng nêu rõ, mức phí trên tính theo lần thẩm định cấp, cấp lại, điều chỉnh giấy phép môi trường, không bao gồm chi phí đi lại của đoàn kiểm tra thực tế tại cơ sở và chi phí lấy mẫu, phân tích mẫu chất thải.

Trường hợp các dự án hoặc cơ sở đề nghị cấp, cấp lại, điều chỉnh giấy phép môi trường, trong đó có lồng ghép nhiều nội dung đề nghị cấp phép gồm thực hiện dịch vụ xử lý chất thải nguy hại, nhập khẩu phế liệu làm nguyên liệu sản xuất và các nội dung khác), thì mức phí được xác định là mức phí đối với dự án hoặc cơ sở cao nhất quy định tại Điểm 1, Điểm 2 và Điểm 3 Biểu mức thu phí thẩm định cấp giấy phép môi trường (ban hành kèm theo Thông tư).

Người nộp phí thực hiện nộp phí thẩm định trong thời gian 10 ngày làm việc tính từ ngày nộp hồ sơ đề nghị cấp, cấp lại, điều chỉnh giấy phép môi trường. Phí được nộp trực tiếp cho tổ chức thu phí hoặc nộp vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách của tổ chức thu phí mở tại Kho bạc Nhà nước.

Chậm nhất là ngày 05 hàng tháng, tổ chức thu phí phải gửi số tiền phí đã thu của tháng trước vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách mở tại Kho bạc Nhà nước. Tổ chức thu phí thực hiện kê khai, nộp số tiền phí thu được theo tháng, quyết toán năm theo quy định tại Luật Quản lý thuế, Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế.

Biểu mức thu phí thẩm định cấp giấy phép môi trường ban hành kèm theo Thông tư nêu rõ, mức thu phí, phí thẩm định cấp, cấp lại giấy phép môi trường đối với các dự án hoặc cơ sở thuộc nhóm I ((trừ các dự án thực hiện dịch vụ xử lý chất thải nguy hại hoặc cơ sở thực hiện dịch vụ xử lý chất thải nguy hại và dự án nhập khẩu phế liệu làm nguyên liệu sản xuất hoặc cơ sở nhập khẩu phế liệu làm nguyên liệu sản xuất đã đi vào hoạt động) là 50 triệu đồng/giấy phép.

Đối với các dự án hoặc cơ sở thuộc nhóm II hoặc các dự án hoặc cơ sở nằm trên địa bàn từ 2 đơn vị hành chính cấp tỉnh trở lên hoặc nằm trên vùng biển chưa xác định trách nhiệm quản lý hành chính của UBND tỉnh là 45 triệu đồng/giấy phép.

Phí thẩm định cấp, cấp lại giấy phép môi trường đối với các dự án thực hiện dịch vụ xử lý chất thải nguy hại hoặc cơ sở thực hiện dịch vụ xử lý chất thải nguy hại có số lượng từ 1-4 thì mức phí 60 triệu đồng/dự án và 40 triệu đồng/cơ sở; từ 5-10 số lượng thiết bị xử lý chất thải nguy hại có mức phí 65 triệu đồng/dự án và 50 triệu đồng/cơ sở; từ 11 trở lên có mức phí là 70 triệu đồng/dự án và 60 triệu đồng/cơ sở.

Phí thẩm định cấp, cấp lại giấy phép môi trường đối với các dự án nhập khẩu phế liệu làm nguyên liệu sản xuất hoặc cơ sở nhập khẩu phế liệu làm nguyên liệu sản xuất đã đi vào hoạt động có mức phí là 75 triệu đồng/dự án và 50 triệu đồng/cơ sở đối với phế liệu sắt, thép; 65 triệu đồng/dự án và 45 triệu đồng/cơ sở đối với phế liệu giấy; 60 triệu đồng/dự án và 40 triệu đồng/cơ sở đối với phế liệu nhựa; 55 triệu  đồng/dự án và 35 triệu đồng/cơ sở đối với phế liệu khác. Riêng phí thẩm định cấp điều chỉnh giấy phép môi trường là 15 triệu đồng/giấy phép/ án/cơ sở.