Trong đó, Quỹ hoàn thuế đã chi 14.336 tỷ đồng cho các quyết định hoàn năm 2015, chi 79.737 tỷ cho các quyết định hoàn  năm 2016. Số dư dự toán còn được sử dụng là 3.927 tỷ đồng.

Theo Tổng cục Thuế, trong tháng 11/2016 sẽ áp dụng thí điểm hoàn thuế điện tử tại 5 Cục Thuế: TP. Hà Nội, TP. Hồ Chí Minh, Đồng Nai, Hải Phòng, Bình Dương.

Tiếp đến, tháng 12/2016 tiếp tục thí điểm hoàn thuế điện tử tại các Cục Thuế: TP. Đà Nẵng, Cần Thơ, Quảng Ninh, Kon Tum, Khánh Hòa, Vĩnh Phúc, Bình Thuận, Thái Nguyên.

Để thực hiện Nghị quyết 19/NQ-CP năm 2016 của Chính phủ về đẩy mạnh cải cách thủ tục hành chính và Nghị quyết 71/NQ-CP phiên họp Chính phủ thường kỳ tháng 7/2016 về một số nhiệm vụ cần triển khai, theo đó, Tổng cục Thuế đã chỉ đạo các cục thuế chủ động kiểm tra, kiểm soát chặt chẽ công tác hoàn thuế theo quy định, đúng dự toán đã được duyệt và tạo thuận lợi cho người nộp thuế, đảm bảo hoàn đúng đối tượng, không để xảy ra tình trạng thất thoát ngân sách nhà nước.

Tổng cục Thuế cũng đã xây dựng cơ chế phối hợp giữa Tổng cục Thuế và Kho bạc Nhà nước để thực hiện chi hoàn thuế thông qua hệ thống điện tử theo đúng kế hoạch đã đề ra.