Ngay từ đầu năm 2016, Tổng cục Thuế đã tổ chức thực hiện giám sát hoàn thuế tập trung, đảm bảo hoàn thuế đúng đối tượng, kịp thời hạn theo đúng các quy định của pháp luật về hoàn thuế. Tính đến hết tháng 7/2016, Tổng cục Thuế đã ban hành 12.173 quyết định hoàn thuế với số tiền 58.370 tỷ đồng. Từ tháng 7/2016, Tổng cục Thuế đã thực hiện giám sát hoàn thuế tự động thông qua ứng dụng quản lý thuế tập trung TMS. 

Theo Tổng cục Thuế, những tháng cuối năm, cơ quan này sẽ kiểm soát chặt chẽ số chi hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT); thực hiện rà soát, phân tích thông tin về hoàn thuế, khai thuế để lựa chọn những đối tượng có dấu hiệu rủi ro trong hoàn thuế, bổ sung vào kế hoạch kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế. Đồng thời, phối hợp chặt chẽ với các cơ quan chức năng kịp thời phát hiện, xử lý nghiêm đối với các hành vi gian lận, lợi dụng chính sách hoàn thuế GTGT, thu hồi đầy đủ số tiền hoàn thuế bị gian lận vào ngân sách Nhà nước.

Đáng chú ý, mới đây, tại Công văn số 13804/BTC-TCT về quản lý hoàn thuế GTGT những tháng cuối năm 2016, Bộ Tài chính đã yêu cầu Cục trưởng Cục Thuế các tỉnh, thành phố thực hiện quản lý hoàn thuế GTGT đúng pháp luật, đồng thời không hoàn thuế GTGT đối với một số trường hợp.

Cụ thể, đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, không thực hiện hoàn thuế đối với trường hợp hàng hóa xuất khẩu không thực hiện xuất khẩu tại địa bàn hoạt động theo quy định của Luật Hải quan và quy định chi tiết phạm vi địa bàn hoạt động hải quan tại Nghị định số 01/2015/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết phạm vi địa bàn hoạt động hải quan; trách nhiệm phối hợp trong phòng, chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới.

Không hoàn thuế đối với trường hợp hàng hóa xuất khẩu là sản phẩm tài nguyên, khoáng sản khai thác chưa chế biến thành sản phẩm khác, hoặc sản phẩm xuất khẩu là hàng hóa được chế biến từ tài nguyên, khoáng sản có tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản xuất sản phẩm trở lên.

Đối với dự án đầu tư, Bộ Tài chính yêu cầu không hoàn thuế đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ vốn điều lệ như đã đăng ký; kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện khi chưa đủ các điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật Đầu tư hoặc không đảm bảo duy trì đủ điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động; dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 1/7/2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên theo dự án đầu tư.

Bên cạnh đó, đối với trường hợp người nộp thuế có số thuế GTGT đầu vào lũy kế 12 tháng/4 quý liên tục chưa được khấu trừ hết, Bộ Tài chính yêu cầu chỉ thực hiện hoàn thuế đối với các trường hợp người nộp thuế có số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết phát sinh trước kỳ tính thuế tháng 7/2016 (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc kỳ tính thuế quý III-2016 (đối với trường kê khai theo quý) đủ điều kiện hoàn thuế theo hướng dẫn tại Khoản 1 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC hướng dẫn thi hành Luật thuế GTGT và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật thuế GTGT.

Riêng đối với hồ sơ hoàn thuế trước kỳ hoàn thuế tháng 7/2016 hoặc quý III/2016 thuộc các trường hợp đã nêu trên, do thay đổi chính sách, rủi ro cao, Bộ Tài chính yêu cầu các cục thuế thực hiện kiểm tra trước, hoàn thuế sau đối với tất cả hồ sơ đề nghị hoàn thuế. Những trường hợp này Cục Thuế phải thực hiện cập nhật đầy đủ, kịp thời các hồ sơ, kết quả kiểm tra của cục thuế vào hệ thống quản lý thuế tập trung của ngành Thuế (TMS) để Tổng cục Thuế thực hiện tiếp nhận giám sát trước khi cục thuế ban hành quyết định hoàn thuế.

Với các hồ sơ không thuộc đối tượng ở các quy định nêu trên, Bộ Tài chính yêu cầu Cục Thuế phải căn cứ quy định tại Luật số 106/2016/QH13; Luật Quản lý thuế số 21/2012/QH13 và các văn bản hướng dẫn thi hành để phân loại hồ sơ thực hiện hoàn thuế trước kiểm tra sau hoặc kiểm tra trước hoàn thuế sau theo đúng quy định.