Theo đó, Thông tư đã quy định cụ thể những nội dung sau:

Thứ nhất, mở rộng phạm vi điều chỉnh: Trước đây, thông tư 80/2012/TT-BTC quy định phạm vi điều chỉnh đối với doanh nghiệp thành lập và hoạt động theo Luật doanh nghiệp tại Điều 1 và các điều khoản quy định khác chưa thống nhất dẫn đến áp dụng không rõ ràng, đồng nhất.

Vì vậy, để khắc phục việc quy định chưa thống nhất với quy định của Luật Doanh nghiệp trước đây, thông tư số 95/2016/TT-BTC bổ sung quy định nhằm xác định rõ phạm vi điều chỉnh của thông tư, đồng thời quy định phạm vi điều chỉnh đối với doanh nghiệp thành lập và hoạt động theo quy định của Luật doanh nghiệp phải thực hiện theo quy định về đăng ký doanh nghiệp của Luật doanh nghiệp.

Trường hợp Luật doanh nghiệp không có quy định mà Luật quản lý thuế có quy định thì doanh nghiệp phải thực hiện theo quy định của Thông tư này đảm bảo các quy định về đăng ký doanh nghiệp của Luật doanh nghiệp không bị chồng chéo với quy định đăng ký thuế của Luật quản lý thuế và dễ tra cứu khi áp dụng.

Thứ hai, quy định chi tiết, cụ thể hơn đối tượng áp dụng: Thông tư đã phân định đối tượng áp dụng theo sáu nhóm đối tượng là: nhóm nộp thuế; nhóm được ủy nhiệm thu; nhóm người phụ thuộc; nhóm cơ quan thuế; nhóm cơ quan hải quan; nhóm các cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan.

Thứ ba, quy định chi tiết về cấp và sử dụng mã số thuế: Thông tư  quy định Người nộp thuế được cấp một mã số thuế duy nhất để sử dụng trong suốt quá trình hoạt động từ khi đăng ký thuế cho đến khi chấm dứt hoạt động.

Đối với cá nhân được cấp một mã số thuế duy nhất để sử dụng trong suốt cuộc đời của cá nhân đó. Người phụ thuộc của cá nhân được cấp MST để giảm trừ gia cảnh cho người nộp thuế TNCN. MST cấp cho người phụ thuộc đồng thời cũng là MST của cá nhân khi phát sinh nghĩa vụ với ngân sách nhà nước. MST cấp cho hộ gia đình, nhóm cá nhân, cá nhân kinh doanh là MST cấp cho cá nhân là đại diện hộ kinh doanh.

Người nộp thuế sử dụng MST để khai thuế, nộp thuế, hoàn thuế và thực hiện các thủ tục về thuế khác đối với tất cả các nghĩa vụ phải nộp ngân sách nhà nước, kể cả trường hợp người nộp thuế sản xuất, kinh doanh tại nhiều địa bàn khác nhau. Mã số thuế đã cấp không được sử dụng lại để cấp cho người nộp thuế khác.

Thứ tư, quy định rõ hơn quy trình, thủ tục và các bước đăng ký thuế, nhờ đó tạo thuận lợi và giúp cho tổ chức, cá nhân có nhu cầu đăng ký thuế nắm và hiểu rõ hơn quy trình, thủ tục và các bước thực hiện đăng ký thuế, đồng thời đảm bảo tính minh bạch và rõ ràng trong quản lý thuế nói chung, đăng ký thuế nói riêng.

Thứ năm, quy định chi tiết và thống nhất về chấm dứt hiệu lực mã số thuế và khôi phục mã số thuế của doanh nghiệp: Trước đây, chưa có quy định người nộp thuế phải hoàn thành nghĩa vụ thuế đối với hoạt động xuất, nhập khẩu với cơ quan hải quan khi chấm dứt hiệu lực mã số thuế, dẫn đến khi cơ quan thuế đóng mã số thuế thì người nộp thuế chưa hoàn thành toàn bộ nghĩa vụ với ngân sách nhà nước.

Vì vậy, Thông tư số 95/2016/TT-BTC bổ sung vào hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế của người nộp thuế phải có văn bản xác nhận hoàn thành nghĩa vụ thuế đối với hoạt động xuất nhập khẩu của cơ quan Hải quan trong trường hợp đơn vị có hoạt động xuất, nhập khẩu.

Về khôi phục mã số thuế của doanh nghiệp: Để phù hợp với Nghị định số 78/2015/NĐ-CP có quy định khôi phục tình trạng pháp lý của doanh nghiệp sau khi doanh nghiệp bị thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, thông tư số 95/2016/TT-BTC đã bổ sung quy định về khôi phục mã số thuế cho cả doanh nghiệp và tổ chức, hộ gia đình, nhóm cá nhân, cá nhân kinh doanh để thống nhất với các quy định này.

Thứ sáu, quy định rõ ràng về trạng thái MST của NNT: Trạng thái mã số thuế phản ánh tình hình hoạt động của người nộp thuế đang theo dõi tại cơ quan thuế. Đây là một trong những thông tin đã công khai nhưng chưa được pháp lý hóa.

Ngoài ra, tại Thông tư liên tịch số 01/2016/TTLT-BKHĐT-BTC ngày 23/2/2016 của Bộ Kế hoạch & Đầu tư và Bộ Tài chính đã quy định danh mục các trạng thái hoạt động của doanh nghiệp đang theo dõi của 2 cơ quan ĐKKD và cơ quan thuế để thống nhất thông tin về doanh nghiệp, vì vậy, thông tư số 95/2016/TT-BTC bổ sung quy định danh mục trạng thái mã số thuế của người nộp thuế.

Thứ bảy, quy định về người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký (NNT bỏ địa chỉ kinh doanh): Trước đây đã có quy định cơ quan thuế phải thực hiện xác minh khi người nộp thuế ngừng khai thuế, nộp thuế nhưng không khai báo với cơ quan thuế. Tuy nhiên, việc quy định này chưa quy định đầy đủ các trường hợp để xác minh người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ.

Người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký là một trạng thái mã số thuế của người nộp thuế (phản ánh tình trạng vi phạm của người nộp thuế), là một trong những thông tin công khai theo quy định của Luật quản lý thuế.

Trước đây các trường hợp này đều được quy định là cơ sở bỏ địa chỉ kinh doanh, nhưng quy định này chưa thật sự phù hợp với thực tiễn, vì vậy cần có quy định pháp lý rõ ràng để người nộp thuế biết được trong trường hợp nào thì bị cơ quan thuế thông báo không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký, quy trình xử lý của cơ quan thuế liên quan đến hành vi vi phạm này.

Thông tư số 95/2016/TT-BTC đã dành hẳn Điều 19 để quy địnhvề NNT không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký. Theo đó, đã quy định các trường hợp cơ quan thuế thực hiện xác minh thực tế để xác định người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ, đồng thời cung quy định rõ trình tự, thời gian, thủ tục các bước tiến hành, từ việc thông báo cho NNT đến việc phối hợp với chính quyền địa phương trong việc kiểm tra xác minh thực tế hoạt động kinh doanh của NNT trên địa bàn...

Ngoài ra, thông tư còn quy định cơ quan thuế phải phối hợp cùng cơ quan nhà nước có thẩm quyền xử lý đối với người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký.

Thứ tám, quy định các trường hợp công khai thông tin đăng ký thuế của NNT: Trước đây, chưa có quy định về việc công khai thông tin đăng ký thuế, nhưng trên thực tế cơ quan thuế đã thực hiện công khai một số thông tin đăng ký thuế trên trang thông tin điện tử ngành thuế, vì vậy, Thông tư đã bổ sung quy định về công khai thông tin đăng ký thuế để tạo cơ sở pháp lý để triển khai thực hiện.

CQT thực hiện công khai thông tin đăng ký thuế của NNT trên Trang thông tin điện tử của Tổng cục Thuế trong các trường hợp như: NNT ngừng hoạt động, đã hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế; NNT ngừng hoạt động, chưa hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực; NNT không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký; NNT được khôi phục MST. Các thông tin công khai bao gồm: Tên, MST, địa chỉ, trạng thái MST, lý do chi tiết trong trường hợp NNT ở trạng thái MST, ngày hiệu lực của thông tin thay đổi.

Với những điểm mới trong Thông tư số 95/2016/TT-BTC được thực hiện từ ngày 12/08/2016 sẽ góp phần tạo sự minh bạch, rõ ràng trong việc thực hiện đăng ký thuế, tạo thuận lợi cho DN phát triển sản xuất kinh doanh, thúc đẩy tăng trưởng kinh tế xã hội.