Theo Tổng cục Thuế, tại Điều 7 và Điều 72 Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH11 ngày 29/11/2006 quy định: Nghĩa vụ của người nộp thuế là cung cấp chính xác, đầy đủ, kịp thời thông tin, tài liệu liên quan đến việc xác định nghĩa vụ thuế, số hiệu và nội dung giao dịch của tài khoản mở tại ngân hàng thương mại, tổ chức tín dụng khác; giải thích việc tính thuế, khai thuế, nộp thuế theo yêu cầu của cơ quan quản lý thuế.

Các cơ quan có trách nhiệm cung cấp thông tin theo yêu cầu của cơ quan quản lý thuế gồm: Ngân hàng thương mại, tổ chức tín dụng khác có trách nhiệm cung cấp nội dung giao dịch qua tài khoản của người nộp thuế trong thời hạn mười ngày làm việc, kể từ ngày nhận được yêu cầu cung cấp thông tin của cơ quan quản lý thuế.

Tại khoản 3 Điều 15 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính (đã được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014, Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014, Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/2/2015 và Thông tư số 173/2016/TT-BTC ngày 28/10/2016) hướng dẫn: Chứng từ thanh toán qua ngân hàng được hiểu là có chứng từ chứng minh việc chuyển tiền từ tài khoản của bên mua sang tài khoản của bên bán mở tại các tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán theo các hình thức thanh toán phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành như séc, ủy nhiệm chi hoặc lệnh chi, ủy nhiệm thu, nhờ thu, thẻ ngân hàng, thẻ tín dụng, sim điện thoại (ví điện tử) và các hình thức thanh toán khác theo quy định.

Tại khoản 1 Điều 18 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn về điều kiện áp dụng ưu đãi thuế TNDN như sau: Các ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) chỉ áp dụng đối với doanh nghiệp thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ và nộp thuế TNDN theo kê khai.

Theo phản ánh của Cục Thuế tỉnh An Giang, Công ty TNHH MTV XNK Tài Trường Thịnh đăng ký thành lập doanh nghiệp tại địa bàn đặc biệt khó khăn theo quy định của Chính phủ nhưng thực tế các hoạt động giao dịch mua, bán đều được thực hiện ngoài địa bàn đăng ký thành lập doanh nghiệp. Công ty không thường xuyên có hoạt động kinh doanh tại địa chỉ đăng ký thành lập doanh nghiệp như: Văn phòng làm việc không thường xuyên mở cửa, không có bộ máy làm việc, không có kho hàng.

Với trường hợp trên, Tổng cục Thuế thống nhất với đề xuất xử lý của Cục Thuế tỉnh An Giang tại công văn số 387/CT- KTrT2 ngày 9/3/2017: thu nhập từ hoạt động kinh doanh của Công ty TNHH MTV XNK Tài Trường Thịnh không được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo địa bàn ưu đãi đầu tư tại tỉnh An Giang theo quy định.

Cũng theo trình bày của Cục Thuế tỉnh An Giang thì Công ty TNHH MTV XNK Tài Trường Thịnh có nhiều dấu hiệu rủi ro. Công ty TNHH MTV XNK Tài Trương Thịnh đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa xuất khẩu là bột mỳ mua của doanh nghiệp trong nước và vận chuyển thẳng về cửa khẩu (không qua kho hàng của Công ty) để làm thủ tục xuất khẩu sang Campuchia cho khách hàng Công ty TNHH HOR CHHENG (Địa chỉ: 1 AEO, ST.161. Sangkat Valvong, Khan 7 Makara, Phnompenh, Cambodia). Tại Giấy báo có Thông báo nhận tiền thanh toán hàng hóa xuất khẩu từ Ngân hàng bên nhập khẩu Campuchia (Ngân hàng Sacombank Phnompenh, Cambodia) không phản ánh thông tin khách hàng và hợp đồng mua bán hàng hóa nêu trên mà chỉ ghi nội dung thanh toán cho Tờ khai hàng hóa xuất khẩu.

Tổng cục Thuế đề nghị Cục Thuế tỉnh An Giang thực hiện kiểm tra trước hoàn thuế GTGT tại doanh nghiệp; Và phối hợp với Cục Thuế tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu để xác minh tình hình hoạt động kinh doanh, kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng của bên bán hàng hóa cho Công ty TNHH MTV XNK Tài Trường Thịnh, cơ quan thuế quản lý cơ sở kinh doanh thực hiện vận chuyển hàng hóa cho Công ty TNHH MTV XNK Tài Trường Thịnh từ nơi mua hàng đến cửa khẩu xuất khẩu hàng hóa để xác minh tình hình hoạt động, kê khai, nộp thuế.

Đồng thời, Cục thuế tỉnh An Giang gửi văn bản đề nghị ngân hàng thương mại và các tổ chức tín dụng có liên quan cung cấp nội dung giao dịch, thông tin về chứng từ thanh toán qua ngân hàng giữa Công ty TNHH MTV XNK Tài Trường Thịnh và các khách hàng trong nước, khách hàng tại Campuchia theo quy định.