Theo đó, người nộp phí là các cơ quan, tổ chức, cá nhân đề nghị cơ quan có thẩm quyền ở Trung ương thực hiện thẩm định báo cáo đánh giá tác động môi trường. Người nộp phí thực hiện nộp phí thẩm định trong thời gian từ thời điểm nộp hồ sơ đề nghị thẩm định, thẩm định lại đến trước khi tổ chức họp hội đồng thẩm định. Phí nộp trực tiếp cho tổ chức thu phí hoặc nộp vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách của tổ chức thu phí mở tại Kho bạc Nhà nước.

Tổ chức thu phí bao gồm: Tổng cục Môi trường trực thuộc Bộ Tài nguyên và Môi trường; Các cơ quan được các bộ, cơ quan ngang Bộ giao thẩm định báo cáo đánh giá tác động môi trường.

Mức thu phí thẩm định báo cáo đánh giá tác động môi trường cụ thể như sau:

Thông tư số 56/2018/TT-BTC quy định, mức thu phí thẩm định lại báo cáo đánh giá tác động môi trường bằng 50% mức thu phí thẩm định lần đầu tương ứng trong biểu nêu trên.

Đối với nhóm dự án được chia thành 6 nhóm, cụ thể như sau: Nhóm 1- Dự án công trình dân dụng; Nhóm 2 - Dự án hạ tầng kỹ thuật (trừ dự án giao thông); Nhóm 3 - Dự án nông nghiệp, lâm nghiệp, thủy sản, thủy lợi; Nhóm 4 - Dự án giao thông; Nhóm 5 - Dự án công nghiệp; Nhóm 6 - Dự án xử lý chất thải và cải thiện môi trường và các dự án khác (không thuộc nhóm 1, 2, 3, 4, 5 nêu trên). Đối với các dự án thuộc từ 2 nhóm trở lên thì áp dụng mức phí của nhóm có mức thu cao nhất.

Tổ chức thu phí nộp 100% tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước. Nguồn chi phí trang trải cho hoạt động thẩm định, thu phí do ngân sách nhà nước bố trí trong dự toán của tổ chức thu theo chế độ, định mức chi ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật.

Trường hợp tổ chức thu phí là cơ quan nhà nước thuộc diện khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí theo quy định tại khoản 1 Điều 4 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Phí và lệ phí, thì được trích để lại 90% tổng số tiền phí thẩm định thực thu được để chi cho hoạt động thẩm định, thu phí và nộp 10% vào ngân sách nhà nước.