Theo Tổng cục Hải quan, thẩm quyền giải quyết hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước của DN ưu tiên do Cục trưởng Cục Hải quan tỉnh, thành phố nơi phát sinh số tiền thuế đề nghị hoàn; đồng thời, ban hành quyết định thanh tra, kiểm tra theo nguyên tắc quản lý rủi ro.

Điều 44 Luật Hải quan quy định, trách nhiệm của cơ quan hải quan trong việc thực hiện chế độ ưu tiên nêu rõ: Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan xét, công nhận, gia hạn, tạm đình chỉ, đình chỉ việc áp dụng thực hiện chế độ ưu tiên cho DN.

Cơ quan hải quan các cấp có trách nhiệm kiểm tra, giám sát, đánh giá sự tuân thủ pháp luật của DN; hướng dẫn DN về chính sách, quy định của pháp luật về thuế và hải quan.

Khoản 4 Điều 12 Thông tư số 06/2021/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế ngày 13/6/2019 về quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu quy định: Cục trưởng cục hải quan tỉnh, thành phố nơi phát sinh số tiền hoàn thuế đề nghị ban hành quyết định thanh tra, kiểm tra đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong quản lý thuế và trong thời hạn 5 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế theo quy định tại khoản 1 Điều 77 Luật Quản lý thuế.

Theo Luật Quản lý thuế thì không có quy định về việc không thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước của DN ưu tiên.

Ngày 3/1/2023, Tổng cục Hải quan đã có văn bản chỉ đạo trong trường hợp phát hiện dấu hiệu cần áp dụng biện pháp kiểm tra đối với các DN ưu tiên thì phải báo cáo Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan để xem xét quyết định việc kiểm tra.

Đối chiếu với quy định trên, thẩm quyền kiểm tra sau hoàn thuế đối với các DN ưu tiên do Cục trưởng Cục Hải quan tỉnh, thành phố nơi phát sinh số tiền thuế đề nghị hoàn ban hành quyết định thanh tra, kiểm tra.

Tuy nhiên, trước khi ban hành quyết định thanh tra, kiểm tra, Cục Hải quan tỉnh, thành phố phải báo cáo Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan các hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước của DN ưu tiên và kế hoạch kiểm tra để xem xét, quyết định.