Tổng cục Hải quan cho biết, việc kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước thực hiện theo khoản 3 Điều 60, Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH11 được sửa đổi, bổ sung tại khoản 18 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế số 21/2012/QH13.

Theo đó, Luật Quản lý thuế quy định rõ thời hạn kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ hoàn thuế trước, kiểm tra sau. Đối với trường hợp không thuộc quy định tại điểm a khoản 18, việc kiểm tra sau hoàn thuế được thực hiện theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong thời hạn 10 năm kể từ ngày có quyết định hoàn thuế.

Điều 77, Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 quy định: Cơ quan quản lý thuế thực hiện thanh tra, kiểm tra đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước theo nguyên tắc rủi ro trong quản lý thuế và trong thời hạn 5 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế.

Khoản 1, Điều 10, Luật Ban hành văn bản quy phạm pháp luật số 80/2015/QH13 quy định: Văn bản quy phạm pháp luật được áp dụng từ thời điểm bắt đầu có hiệu lực. Văn bản quy phạm pháp luật được áp dụng đối với hành vi xảy ra tại thời điểm mà văn bản đó đang có hiệu lực. Trong trường hợp quy định của văn bản quy phạm pháp luật có hiệu lực trở về trước thì áp dụng theo quy định đó.

Đối chiếu với các quy định trên, việc kiểm tra sau hoàn thuế đối với các hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước được thực hiện trên nguyên tắc quản lý rủi ro trong thời hạn 10 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế với các quyết định hoàn thuế ban hành tại thời điểm Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH11 có hiệu lực trong thời hạn 5 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế đối với các quyết định hoàn thuế.

Liên quan tới thanh tra, kiểm tra đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau, Tổng cục Hải quan cho biết, việc thanh tra chuyên ngành đối với các doanh nghiệp dựa trên cơ sở thu thập tổng thể số liệu, tình hình về quá trình hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu; quá trình chấp hành pháp luật về hải quan, về thuế của doanh nghiệp trong một khoảng thời gian dài (thường từ 3-5 năm).

Hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau của doanh nghiệp là một thành phần trong việc thu thập tổng thể số liệu, tình hình nêu trên để làm cơ sở xem xét, đánh giá, lựa chọn đối tượng, đề xuất cấp có thẩm quyền phê duyệt kế hoạch thanh tra chuyên ngành.

Việc lựa chọn đối tượng (doanh nghiệp) thanh tra chuyên ngành còn căn cứ vào một số vấn đề như: Định hướng thanh tra chuyên ngành hàng năm của Bộ Tài chính, Tổng cục Hải quan; kết quả tự thu thập số liệu, tình hình, rà soát; chuyên đề trọng điểm theo chỉ đạo của cấp trên...

Khi tiến hành thanh tra chuyên ngành đối với doanh nghiệp, nội dung, phạm vi thanh tra gồm nhiều hoạt động, quá trình của doanh nghiệp, thời kỳ thanh tra dài vài năm; không chỉ thanh tra riêng đối với hồ sơ hoàn thuế. Như vậy, các hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế của doanh nghiệp vẫn có thể thuộc phạm vi được thanh tra, kiểm tra cơ quan hải quan theo quy định.