Công ty TNHH Hóa chất Thiên Việt thắc mắc, theo Điều 3 Luật 71/2014/QH13 phân bón là đối tượng không chịu thuế GTGT, vậy DN NK Potassium Humate (K-Humate), nằm trong danh mục phân bón được phép sản xuất, kinh doanh tại Việt Nam làm nguyên liệu sản xuất phân bón có thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT và thuế GTGT được áp cho mặt hàng nguyên liệu sản xuất phân bón hiện nay là bao nhiêu phần trăm và căn cứ vào văn bản quy phạm pháp luật nào?

Về vấn đề này, Tổng cục Hải quan cho biết, Khoản 1 Điều 3 Luật số 71/2014/QH13, Khoản 1 Điều 3 Nghị định số 12/2015/NĐ-CP của Chính phủ quy định phân bón thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Cũng theo quy định tại Khoản 2 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC của Bộ Tài chính thì: Phân bón là các loại phân hữu cơ và phân vô cơ như: Phân lân, phân đạm (urê), phân NPK, phân đạm hỗn hợp, phân phốt phát, bồ tạt; phân vi sinh và các loại phân bón khác thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.

Ngày 30/5/2016, Bộ Tài chính cũng đã có công văn số 7248/BTC-CST hướng dẫn chính sách thuế GTGT đối với mặt hàng K-Humate như sau: Trường hợp mặt hàng K-Humate thuộc Danh mục phân bón được phép sản xuất, kinh doanh và sử dụng ở Việt Nam do Bộ NN&PTNT ban hành thì được xác định là phân bón thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.

Trường hợp K-Humate không thuộc trường hợp nêu trên thì là hóa chất hoặc nguyên liệu sản xuất phân bón thuộc đối tượng chịu thuế GTGT theo quy định.

Đối với thắc mắc thuế GTGT mặt hàng nguyên liệu sản xuất phân bón, theo quy định tại Khoản 2b Điều 10 Thông tư số 219/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính quy định: Quặng để sản xuất phân bón là quặng làm nguyên liệu như quặng Apatit dùng để sản xuất phân lân, đất bùn và phân vi sinh thuộc đối tượng áp dụng thuế GTGT 5%.

Điều 11 Thông tư số 219/2013/TT-BTC quy định: Thuế suất 10% áp dụng đối với hàng hóa, dịch vụ không được quy định tại Điều 4, Điều 9 và Điều 10 Thông tư này. Theo đó, mặt hàng nguyên liệu sản xuất phân bón (trừ quặng để sản xuất phân bón) thuộc đối tượng áp dụng thuế GTGT 10%.

Tổng cục Hải quan cho biết thêm, theo quy định tại Điểm i Khoản 1 Điều 9 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP thì “Đối với số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ, cơ sở kinh doanh được hạch toán vào chi phí để tính thuế Thu nhập DN hoặc tính vào nguyên giá của tài sản cố định, trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần có giá trị từ hai mươi triệu đồng trở lên không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.”.

Tổng cục Hải quan đề nghị DN căn cứ vào các quy định nêu trên để thực hiện.

Công ty Bông Lúa Vàng hỏi: DN NK trục trà lúa có phải chịu thuế GTGT hay không? DN lí giải, theo Công văn 12848/BTC-CST thì mặt hàng này không chịu thuế GTGT, đề nghị cơ quan Hải quan hướng dẫn rõ để DN thực hiện.

Theo Tổng cục Hải quan, các quy định về máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ cho sản xuất nông nghiệp đã được Bộ Tài chính quy định rõ tại Khoản 2 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT- BTC ngày 27/2/2015. Bộ Tài chính cũng đã ban hành các công văn hướng dẫn số 12848/BTC-CST ngày 15/9/2015, công văn số 1677/BTC-TCT ngày 29/1/2016, công văn số 16659/BTC-CST ngày 22/11/2016.

Do đó, Tổng cục Hải quan đề nghị DN căn cứ quy định tại Khoản 2 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC và các văn bản hướng dẫn trên để thực hiện hoặc liên hệ với cơ quan Hải quan địa phương nơi NK hàng hóa để được hướng dẫn cụ thể.

Công ty TNHH Tâm Dung cho biết: Trong quá trình hoạt động sản xuất kinh doanh, DN tìm được đối tác mua sản phẩm XK sản xuất từ thép nguyên liệu nhập kinh doanh và nhập sản xuất XK nên đã xuất bán sản phẩm ra nước ngoài, mở tờ khai xuất sản xuất XK tại Chi cục đầu tư gia công Hà Nội. Mặc dù DN đã làm hồ sơ hoàn thuế cho lượng nguyên liệu nhập kinh doanh đưa vào sản xuất XK tại Hải Phòng, nhưng đến nay chưa được cơ quan Hải quan thực hiện hoàn thuế với lý do tại tờ khai XK, DN không khai báo XK được sử dụng nguyên liệu từ nguồn nhập kinh doanh. Đề nghị Tổng cục Hải quan có hướng dẫn cụ thể để tháo gỡ vướng mắc trong việc hoàn thuế nêu trên cho DN.

Liên quan đến vấn đề hoàn thuế này của DN, ngày 20/12/2016, Tổng cục Hải quan đã có công văn số 11866/PC-TCHQ chuyển vướng mắc của DN tới Cục Hải quan Hải Phòng để xử lí theo thẩm quyền. Theo chỉ đạo của Tổng cục Hải quan, Cục Hải quan Hải Phòng đã thành lập đoàn kiểm tra tại trụ sở DN và đã báo cáo kết quả tại công văn số 12488/HQHP-TXNK ngày 30/12/2016 như sau: Hoạt động kinh doanh của DN rất đa dạng. Về nguyên liệu đầu vào bao gồm: Nguyên liệu để sản xuất XK (E31), nguyên liệu nhập kinh doanh (A11) và nguyên liệu được mua trong nước. Về sản phẩm đầu ra bao gồm: Sản xuất XK (E62) và chủ yếu là bán kinh doanh trong nước. Do đó, khi DN không khai báo rõ trên tờ khai hàng hóa XK được sử dụng nguyên liệu từ nguồn nào và cơ quan Hải quan nơi làm thủ tục XK không kiểm tra xác định rõ thì chi cục chưa có đủ cơ sở để xác định hàng hóa DN đã XK tại các tờ khai sản xuất XK có được sản xuất từ nguồn nguyên liệu NK tại các tờ khai nhập kinh doanh nêu trên hay không.

Cũng tại đợt kiểm tra, DN không xuất trình được chứng từ, sổ sách kế toán nên cơ quan Hải quan không có cơ sở để xác định được nguồn gốc đầu vào, đầu ra, việc hạch toán kế toán của DN cũng như lượng nguyên vật liệu nhập, xuất, tồn…

Căn cứ Khoản 5 Điều 114 Thông tư 38/2015/TT-BTC thì hàng hóa NK đã nộp thuế NK để sản xuất hàng hóa XK ra nước ngoài hoặc xuất vào khu phi thuế quan được hoàn thuế NK tương ứng với tỉ lệ sản phẩm thực tế XK và không phải nộp thuế XK đối với hàng hóa XK có đủ điều kiện là được chế biến từ toàn bộ nguyên liệu, vật tư NK.

Đối chiếu với các quy định hiện hành và báo cáo từ Cục Hải quan Hải Phòng, Tổng cục Hải quan chưa đủ cơ sở, căn cứ để thực hiện hoàn thuế theo đề nghị của DN.

Công ty Thép Phương Mai phản ánh: Mặc dù thủ tục hoàn thuế của cơ quan Hải quan đã được điện tử nhưng cán bộ Hải quan vẫn yêu cầu DN xác nhận, hồ sơ giấy dẫn đến kéo dài thời gian làm thủ tục hoàn thuế.

Tại Khoản 2 Điều 25 Nghị định số 08/2015/NĐ-CP của Chính phủ quy định:“2. Các trường hợp sau đây được khai trên tờ khai hải quan giấy: a) Hàng hóa XK, NK của cư dân biên giới; b) Hàng hóa XK, NK vượt định mức miễn thuế của người XNC; c) Hàng cứu trợ khẩn cấp, hàng viện trợ nhân đạo; d) Hàng quà biếu, quà tặng, tài sản di chuyển của cá nhân; đ) Hàng hóa là phương tiện chứa hàng hóa quay vòng theo phương thức TNTX, TXTN quy định tại Điểm a, Điểm b Khoản 1 Điều 49 Nghị định này; e) Hàng hóa TNTX, TXTN để phục vụ công việc trong thời hạn nhất định trong trường hợp mang theo khách XNC; g) Trường hợp hệ thống xử lí dữ liệu điện tử hải quan, hệ thống khai hải quan điện tử không thực hiện được các giao dịch điện tử với nhau mà nguyên nhân có thể do một hoặc cả hai hệ thống hoặc do nguyên nhân khác. Trường hợp hệ thống xử lí dữ liệu điện tử hải quan không thực hiện được thủ tục hải quan điện tử, cơ quan Hải quan có trách nhiệm thông báo trên trang thông tin điện tử hải quan chậm nhất 1 giờ kể từ thời điểm không thực hiện được các giao dịch điện tử; h) Hàng hóa khác theo quy định của Bộ trưởng Bộ Tài chính.

Cũng theo quy định Điều 115 đến Điều 127 Thông tư số 38/2015/TT-BTC thì hồ sơ hoàn thuế đối với hàng hóa XNK, bao gồm các giấy tờ phải nộp theo quy định; Trường hợp khai hải quan trên tờ khai hải quan giấy, người nộp thuế nộp thêm 1 bản chính tờ khai hải quan hàng hoá XNK đã được thông quan.

Căn cứ các quy định nêu trên, theo Tổng cục Hải quan, đối với trường hợp khai hải quan trên tờ khai hải quan giấy, trong hồ sơ hoàn thuế, người nộp thuế nộp thêm 1 bản chính tờ khai hải quan hàng hoá XNK đã được thông quan. Do đó, đề nghị DN nêu cụ thể vướng mắc hoàn thuế chậm, kéo dài thời gian làm thủ tục hoàn thuế phát sinh tại cơ quan Hải quan nào, trong trường hợp nào để Tổng cục Hải quan có cơ sở chỉ đạo kiểm tra, làm rõ.