Hiện trên địa bàn đã phát sinh nhiều thủ đoạn mới, nguy cơ rủ ro cao trên nhiều lĩnh vực: Ma túy; Sở hữu trí tuệ - hàng giả; Trị giá tính thuế, thuế suất và chuyển giá; Tạm nhập - tái xuất; Cites; Xuất xứ, hoàn thuế; Chính sách chuyên ngành; Ô nhiễm môi trường; Kho ngoại quan; Đầu tư, gia công...

Theo thống kê của Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh, trong năm 2017, Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh đã bắt giữ và lập biên bản 1.622 vụ vi phạm, trị giá hàng vi phạm ước tính 199.418 triệu đồng; Số tiền phạt và tịch thu là 34.904 triệu đồng; (Trong đó có 27 vụ buôn lậu vận chuyển trái phép, 180 vụ gian lận thương mại, 21 vụ ma túy - chất gây nghiện, 6 vụ vũ khí - quân trang quân dụng, 1.338 vụ vi phạm thủ tục Hải quan, 50 vụ vi phạm khác. Đáng chú ý, Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh đã ra quyết định khởi tố 18 vụ; Chuyển cơ quan khác đề nghị khởi tố 44 vụ.

Theo nhận định của Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh, tại địa bàn sân bay Tân Sơn Nhất và đường chuyển phát nhanh hiện nay, buôn lậu ma túy đang có chiều hướng tăng cao, các vụ việc buôn lậu, gian lận thương mại thông qua hình thức đầu tư, gia công cũng đang diễn biến phức tạp.

Mặt khác, các chi cục địa bàn trọng điểm, tuyến trọng điểm thuộc cảng biển, cảng hàng không quốc tế, đang diễn ra tình trạng đối tượng lợi dụng cơ chế chính sách thông quan qua việc phân luồng tự động để buôn lậu hàng hóa có giá trị cao, xuất nhập khẩu hàng cấm, hàng có điều kiện với thủ đoạn tinh vi; Tạo ra sự dịch chuyển hàng hóa về các địa bàn lân cận - là những nơi chưa có điều kiện máy móc, trang thiết bị chưa đầy đủ, lạc hậu, việc quản lý còn lỏng lẻo - nhằm thoát khỏi sự kiểm soát của cơ quan hải quan, điều này sẽ ảnh hưởng đến số thu ngân sách của đơn vị, làm cho môi trường hoạt động kinh doanh, sản xuất hàng hóa trong nước gặp nhiều khó khăn; Gây hại cho sức khỏe, tính mạng con người, làm ảnh hưởng đến an ninh, chính trị và an toàn xã hội, từ đó phát sinh tham nhũng, tiêu cực.

Từ tình hình thực tế, trong thời gian qua, Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh đã chủ động xây dựng nhiều chuyên đề, kế hoạch đấu tranh chống buôn lậu và gian lận thương mại; Qua đó, phát hiện nhiều vụ việc vi phạm nghiêm trọng, đối tượng sử dụng phương thức và thủ đoạn rất tinh vi như: Không khai hoặc khai sai tên hàng, số lượng với trị giá lớn; Lợi dụng thông quan điện tử luồng xanh, vàng... để đưa hàng hóa thuộc diện cấm nhập khẩu có điều kiện... vào thị trường nội địa tiêu thụ...

Dự báo, vào thời điểm gần Tết nguyên đán 2018, bước sang quý I năm 2018 là dịp diễn ra các ngày lễ hội lớn, yếu tố cung cầu lưu thông hàng hóa và sức tiêu thụ của người tiêu dùng có khả năng tăng mạnh, dẫn đến cơ hội cho đối tượng bất chính liều lĩnh thực hiện buôn lậu, gian lận thương mại, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới, sản xuất, buôn bán hàng giả, hàng nhái, hàng kém chất lượng, xâm phạm sở hữu trí tuệ... với nhiều phương thức thủ đoạn tinh vi, táo bạo.

 Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh với đặc thù quản lý nhà nước trên địa bàn có nhiều cửa khẩu cảng biển, cảng hàng không quốc tế, bưu điện quốc tế; Hoạt động xuất nhập khẩu tập trung tại 12 đơn vị Hải quan cửa khẩu và ngoài cửa khẩu. Tuyến sông Sài Gòn, với chiều dài hơn 40km, qua khu vực cảng TP. Hồ Chí Minh (cảng Sài Gòn) bắt đầu từ ICD Phước Long đến khu vực Tân Cảng, Ba Son, cảng Nhà Rồng, cảng Rau quả, cảng Lotust, cảng Dầu Thực Vật, cảng Tổng kho xăng dầu, cảng Hiệp Phước, cảng Cát Lái...