Theo đó, mức thu phí đăng kiểm an toàn kỹ thuật tàu cá, kiểm định trang thiết bị nghề cá; phí thẩm định xác nhận nguồn gốc nguyên liệu thủy sản; phí thẩm định kinh doanh có điều kiện thuộc lĩnh vực thủy sản; lệ phí cấp giấy phép khai thác, hoạt động thủy sản thực hiện theo quy định tại Biểu phí, lệ phí ban hành kèm theo Thông tư này.

Cụ thể, lệ phí cấp giấy phép khai thác thuỷ sản cho tàu cá Việt Nam đối với trường hợp cấp mới, cấp đổi giấy phép do đổi nội dung trong giấp phép là 40 nghìn đồng/lần; cấp lại là 20 nghìn đồng/lần.

Đối với lệ phí cấp giấy phép hoạt động thủy sản đối với tàu cá nước ngoài theo hình thức cấp mới, cấp đổi giấy phép do đổi nội dung trong giấp phép là 200 USD/lần; gia hạn hoặc cấp lại giấy phép là 100 USD/lần.

Phí đăng kiểm an toàn kỹ thuật tàu cá, kiểm định trang thiết bị nghề cá đối với hoạt động thẩm định thiết kế đóng mới, cải hoán, sửa chữa, phục hồi tàu cá là 5% giá thiết kế…

Mức phí này được áp dụng từ ngày 01/01/2022 và chưa bao gồm chi phí đi lại của đoàn kiểm tra thẩm định cấp giấy chứng nhận (chi phí đi lại do tổ chức, cá nhân đề nghị thẩm định chi trả theo thực tế, phù hợp với quy định pháp luật).

Thông tư số 94/2021/TT-BTC còn bổ sung thêm phí kiểm tra an toàn kỹ thuật tàu cá và các trang thiết bị trên tàu cá trung gian, gồm: Kiểm tra phần thân vỏ tàu tính theo dung tích là 3.500 đồng/GT; Kiểm tra phần máy tàu (Tổng công suất máy chính + máy phụ ): 2.720 đồng/KW; Thiết bị hàng hải: 105.000 đồng/lần/hệ thống; Thiết bị vô tuyến điện: 131.000 đồng/lần/hệ thống; Phương tiện tín hiệu: 41.000 đồng/lần/hệ thống; Phương tiện cứu sinh: 105.000 đồng/lần/hệ thống; Trang thiết bị nghề cá: 140.000 đồng/lần/hệ thống…

Các mức phí trên cũng được áp dụng từ ngày 01/01/2022.

Ngoài quy định về mức phí, lệ phí, Thông tư số 94/2021/TT-BTC còn quy định rõ về việc quản lý phí, lệ phí. Cụ thể, tổ chức thu phí là đơn vị sự nghiệp công lập được trích 90% số tiền phí thu được để chi cho các nội dung quy định tại Điều 5 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP ngày 23/8/2016 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Phí và lệ phí; nộp 10% số tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước theo chương, tiểu mục tương ứng của Mục lục ngân sách hiện hành.

Tổ chức thu phí là cơ quan nhà nước nộp toàn bộ số tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước; nguồn chi phí trang trải cho thực hiện công việc và thu phí do ngân sách nhà nước bố trí trong dự toán của tổ chức thu theo chế độ, định mức chi ngân sách nhà nước.

Trường hợp tổ chức thu phí là cơ quan nhà nước được khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí theo quy định tại khoản 1 Điều 4 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP được trích lại 90% số tiền phí thu được để chi cho các nội dung quy định tại Điều 5 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP; nộp 10% số tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước theo chương, tiểu mục tương ứng của Mục lục ngân sách hiện hành.

Tổ chức thu lệ phí nộp 100% tiền lệ phí thu được vào ngân sách nhà nước theo chương, tiểu mục tương ứng của Mục lục ngân sách hiện hành. Nguồn chi phí trang trải cho việc thực hiện công việc và thu lệ phí do ngân sách nhà nước bố trí trong dự toán của tổ chức thu theo chế độ, định mức chi ngân sách nhà nước.

Thông tư này có hiệu lực từ ngày 17/12/2021 và bãi bỏ Thông tư số 230/2016/TT-BTC ngày 11/11/2016 và Thông tư số 118/2018/TT-BTC ngày 28/11/2018.