Theo Cục thuế TP. Hà Nội: Căn cứ Khoản 3 Điều 3 Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Khoản 3, 4 Điều 12 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng (GTGT) và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế GTGT quy định phương pháp khấu trừ thuế.

Cụ thể, cơ sở kinh doanh đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế, bao gồm: Tổ chức kinh tế khác hạch toán được thuế GTGT đầu vào, đầu ra không bao gồm doanh nghiệp, hợp tác xã.

Cơ sở kinh doanh hướng dẫn tại điểm đ khoản này phải gửi Thông báo về việc áp dụng phương pháp tính thuế GTGT tới cơ quan thuế quản lý trực tiếp trước ngày 20 tháng 12 của năm trước liền kề năm người nộp thuế thực hiện phương pháp tính thuế mới.

Trong thời gian 5 ngày làm việc kể từ ngày nhận được Thông báo về việc áp dụng phương pháp khấu trừ, cơ quan thuế phải có văn bản thông báo cho doanh nghiệp, hợp tác xã, cơ sở kinh doanh biết việc chấp thuận hay không chấp thuận Thông báo về việc áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.

Đồng thời, căn cứ quy định tại Điều 12 quy định trách nhiệm, thời hạn và địa điểm nộp hồ sơ thay đổi thông tin đăng ký thuế của người nộp thuế, tại Điều 13 quy định hồ sơ thay đổi thông tin đăng ký thuế của Thông tư số95/2016/TT-BTC ngày 28/6/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn về đăng ký thuế;

Căn cứ Điều 8, 12, 13 của Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/03/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 51/2010/NĐ-CP ngày 14/5/2010 và Nghị định số 04/2014/NĐ-CP ngày 17/01/2014 của Chính phủ quy định về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ.

Căn cứ các quy định trên, trường hợp Trung tâm công nghệ thông tin và giám sát an ninh mạng là đơn vị sự nghiệp có thu trực thuộc Ban cơ yếu Chính phủ. Trung tâm thường xuyên ký hợp đồng cung cấp dịch vụ công nghệ thông tin và an toàn thông tin với khách hàng thì Trung tâm phải thực hiện đăng ký thuế thuế để kê khai nộp thuế GTGT, thuế TNDN, lệ phí môn bài theo quy định.

Về thủ tục đăng ký thuế, điều chỉnh đăng ký thuế Trung tâm thực hiện theo quy định tại Thông tư 95/2016/TT-BTC.

Trường hợp Trung tâm thực hiện hạch toán được thuế GTGT đầu ra, đầu vào thì được áp dụng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, đồng thời phải gửi thông báo về việc áp dụng phương pháp tính thuế GTGT tới cơ quan thuế quản lý chậm nhất trước thời hạn nộp hồ sơ khai thuế đầu tiên.

Về hồ sơ, thủ tục mua hóa đơn của cơ quan thuế hoặc đặt in hóa đơn đề nghị đơn vị nghiên cứu và thực hiện theo hướng dẫn tại Điều 8, Điều 12 Thông tư 39/2014/TT-BTC.

Trường hợp Trung tâm là tổ chức không kinh doanh có nhu cầu cấp hóa đơn lẻ để giao cho khách hàng thì đơn vị phải có đơn đề nghị cấp hóa đơn lẻ (mẫu 3.4 Phụ lục 3 ban hành kèm theo Thông tư 39/2014/TT-BTC) Hóa đơn do cơ quan thuế cấp là loại hóa đơn bán hàng theo quy định tại Điều 13 Thông tư 39/2014/TT-BTC.