Ngay từ năm 1987, Tổng cục Hải quan đã thành lập Tổ máy tính điện tử gồm 4 đồng chí thuộc Văn phòng Tổng cục theo Quyết định số 29/TCHQ-TCCB ngày 16/03/1987 với nhiệm vụ nghiên cứu đưa ứng dụng điện toán trong công tác quản lý hải quan. Tiếp đó, Phòng Thống kê máy tính được thành lập theo Quyết định số 84/TCHQ-TCCB ngày 19/02/1990 do đồng chí Trương Quang Được - Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan ký. Ngay từ những ngày đầu, trong bối cảnh kinh tế đất nước còn nhiều khó khăn nên việc đầu tư cho ứng dụng công nghệ thông tin còn khiêm tốn, nhưng cán bộ làm công tác công nghệ thông tin đã đồng tâm, hiệp lực, mạnh dạn ứng dụng tin học trong việc quản lý và thống kê các tờ khai hải quan, phương tiện xuất nhập cảnh, hồ sơ cán bộ,…

Trên cơ sở đường lối, chủ trương, chính sách của Đảng, Nhà nước, Chính phủ và sự chỉ đạo Bộ Tài chính, bằng các giải pháp, chương trình, kế hoạch cụ thể, trong những năm qua, việc ứng dụng công nghệ thông tin (CNTT) trong cải cách thủ tục hành chính, hiện đại hóa hải quan đã được triển khai mạnh mẽ. Tổng kết chặng đường gần 30 năm ứng dụng CNTT trong lĩnh vực hải quan nổi bật với 3 giai đoạn phát triển như sau:

- Giai đoạn từ 1987 - 2004: Việc ứng dụng CNTT còn khá khiêm tốn, áp dụng kỹ thuật điện toán để làm thay một số quy trình thủ tục hải quan thủ công như đăng ký tờ khai, thống kê…

- Giai đoạn 2005-2010: Việc ứng dụng CNTT đã từng bước được đẩy mạnh tại các khâu nghiệp vụ hải quan, lĩnh vực CNTT dần vươn tới đáp ứng mục tiêu ứng dụng phương pháp quản lý hải quan hiện đại theo chuẩn mực của Tổ chức Hải quan thế giới (WCO). Nhiều nghiệp vụ cơ bản của công tác quản lý hải quan đã được tin học hóa hoặc có sự hỗ trợ tích cực của các ứng dụng CNTT được triển khai trong toàn Ngành ở phạm vi và các mức độ khác nhau và bước đầu có sự chuyển đổi từ hệ thống tin học hóa sang những hình thái ban đầu của hệ thống tự động hóa hải quan. Đặc biệt, các hệ thống CNTT đã có đóng góp lớn trong việc xây dựng cơ sở dữ liệu thống kê hàng hóa xuất khẩu/nhập khẩu, phục vụ đắc lực cho công tác điều hành, quản lý kinh tế vĩ mô của Chính phủ cũng như cho các bộ, ngành liên quan.

- Giai đoạn 2011 – 2015: Việc ứng dụng CNTT đã có sự phát triển nhảy vọt, mang tính bước ngoặt trong tiến trình cải cách hiện đại hóa hải quan. Đây là kết quả của việc tích lũy về lượng trong gần 20 năm ứng dụng CNTT trong lĩnh vực hải quan. Giai đoạn này cũng chứng kiến một quyết định mang tính táo bạo của ngành Hải quan là kết thúc thực hiện Dự án hiện đại hóa hải quan do Ngân hàng Thế giới viện trợ để tìm một con đường mới, hướng đi mới cho ứng dụng CNTT ngành Hải quan. Kết quả của sự tìm tòi mới này là việc Chính phủ Nhật Bản hỗ trợ Chính phủ Việt Nam xây dựng Hệ thống VNACCS/VCIS với mức độ tự động hóa rất cao và đã cơ bản đáp ứng theo các chuẩn mực quốc tế. Theo đó, việc thực hiện Hệ thống VNACCS/VCIS không chỉ là thúc đẩy cải cách hiện đại hóa hải quan mà còn là động lực đối với cải cách hành chính của các Bộ, ngành liên quan và kết nối với các nền kinh tế trong khu vực và thế giới.

Đến nay, thành tựu ứng dụng CNTT Tổng cục Hải quan thể hiện ở một số nội dung nổi bật sau:

Một là, CNTT đã được ứng dụng mạnh mẽ trong cải cách thủ tục hành chính, tạo thuận lợi tối đa cho người dân và doanh nghiệp trong quá trình làm thủ tục hải quan.

- Trong khai báo, xử lý thông tin và ra quyết định thông quan: Sau 10 năm ứng dụng CNTT, 100% thủ tục hải quan cơ bản đã được tự động hóa, 100% Cục Hải quan, Chi cục hải quan thực hiện thủ tục hải quan điện tử với 99,65% doanh nghiệp tham gia. Theo đó, việc khai báo, tiếp nhận, xử lý thông tin và ra quyết định thông quan được thực hiện với mức độ tự động hóa rất cao thông qua Hệ thống VNACCS/VCIS. Việc thực hiện thủ tục hải quan điện tử nói trên đã mang lại nhiều lợi ích thiết thực cho doanh nghiệp như: Thực hiện thủ tục hải quan mọi lúc, mọi nơi; hồ sơ hải quan đơn giản; thời gian xử lý bộ hồ sơ hải quan nhanh (chỉ từ 1 - 3 giây); giảm chi phí cho doanh nghiệp và xã hội do không phải thực hiện hồ sơ giấy.

- Trong lĩnh vực thanh toán thuế: Từ năm 2007, Ngành Hải quan đã từng bước áp dụng CNTT để thực hiện cải cách hành chính trong lĩnh vực thu, nộp thuế. Đến nay, việc thu nộp thuế xuất nhập khẩu được thực hiện tự động hóa thông qua trao đổi thông tin về các khoản thu ngân sách giữa Hải quan và các Ngân hàng thương mại. 100% các Cục Hải quan và chi cục hải quan đã thực hiện thanh toán điện tử. Việc thực hiện thanh toán điện tử đã giúp doanh nghiệp thanh toán tiền thuế mọi lúc, mọi nơi, thời gian nộp thuế giảm (trước đây mất thời gian từ 1 - 2 ngày, cá biệt có thể mất 5 ngày, nay chỉ còn 3 phút); hạn chế tình trạng cưỡng chế, xét ân hạn nhầm, gây ảnh hưởng đến quyền lợi của doanh nghiệp.

- Bên cạnh đó, trong những năm qua, ngành Hải quan đã đẩy mạnh ứng dụng CNTT nhằm không ngừng nâng cao chất lượng và số lượng dịch vụ công trực tuyến phục vụ người dân và doanh nghiệp thông qua việc vận hành Cổng thông tin điện tử hải quan như: (i) Tuyên truyền, phổ biến các cơ chế, chính sách, các quy trình, hướng dẫn; (ii) Tiếp nhận các ý kiến phản ánh của người dân và doanh nghiệp để tổng hợp, xử lý; (iii) Cung cấp các dịch vụ công trực tuyến…

Hai là, ứng dụng CNTT một cách toàn diện trong các mặt công tác nghiệp vụ.

- Trong lĩnh vực giám sát quản lý nhà nước về hải quan: Đã xây dựng và triển khai trong toàn Ngành các hệ thống CNTT phục vụ cho công tác quản lý theo từng chế độ, loại hình nghiệp vụ như: quản lý gia công, sản xuất xuất khẩu, tạm nhập tái xuất, chế xuất, theo dõi và quản lý cửa hàng miễn thuế, kho ngoại quan, chế độ riêng,… Các hệ thống này đã tạo ra một môi trường điện tử cho phép doanh nghiệp khai báo các thông tin về đối tượng hàng hóa chịu sự quản lý, giúp cơ quan hải quan tiếp nhận, xử lý, theo dõi tình hình thực hiện thủ tục hải quan của doanh nghiệp, quản lý các số liệu một cách đầy đủ, kịp thời. Từ năm 2014, ngành Hải quan đã triển khai áp dụng hệ thống mã vạch trong công tác giám sát hải quan tại các chi cục hải quan lớn cho phép giảm thời gian xử lý hải quan tại khu vực giám sát từ 30 phút/lô hàng xuống còn dưới 3 phút/lô hàng.

- Trong công tác quản lý thu thuế xuất nhập khẩu: Ngành Hải quan đã triển khai trên phạm vi toàn quốc hệ thống Kế toán thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và Hệ thống Quản lý thông tin giá tính thuế trên phạm vi toàn quốc. Hệ thống đã giúp nâng cao hiệu quả công tác kế toán và xác định trị giá hàng hóa.

- Trong công tác quản lý rủi ro: Từ tháng 12/2005, ngành Hải quan đã triển khai trên phạm vi toàn quốc Hệ thống quản lý rủi ro. CNTT quản lý rủi ro hàng ngày, hàng giờ đang cung cấp thông tin phục vụ quá trình thông quan tự động cũng như giúp ngành hải quan tập trung nguồn lực để xử lý hồ sơ có nghi vấn.

Bên cạnh đó, ngành Hải quan nghiên cứu, xây dựng và đưa vào áp dụng các hệ thống CNTT phục vụ cho công tác kiểm tra sau thông quan và điều tra, chống buôn lậu, xử lý vi phạm. Cụ thể là:

- Hệ thống kiểm tra sau thông quan cho phép thực hiện tổng hợp thông tin, đánh giá sự tuân thủ của doanh nghiệp, lập danh sách các doanh nghiệp cần kiểm tra sau thông quan, cập nhật kết quả kiểm tra sau thông quan, cung cấp thông tin cho hệ thống quản lý rủi ro để phân luồng hàng hóa.

- Hệ thống thông tin tình báo cho phép thu thập, cập nhật thông tin từ các nguồn tin nghiệp vụ hải quan phục vụ cho công tác xây dựng phương án đấu tranh chống buôn lậu và gian lận thương mại có hiệu quả.

- Hệ thống quản lý vi phạm cho phép thu thập, cập nhật thông tin về tình hình vi phạm của các doanh nghiệp trong quá trình thực hiện thủ tục hải quan, làm cơ sở cho việc đánh giá, phân loại doanh nghiệp, hỗ trợ cho các cán bộ, công chức hải quan trong ngành thực hiện các nhiệm vụ về xử lý vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan.

Các hệ thống trên đều đã được triển khai thống nhất trong toàn Ngành và mang lại hiệu quả tích cực trong công tác quản lý nhà nước về hải quan.

Ba là ứng dụng mạnh mẽ CNTT vào công tác chỉ đạo điều hành.

Hàng năm ngành Hải quan phải tiếp nhận và xử lý khoảng 7 triệu tờ khai Hải quan với việc tuân thủ hệ thống rộng lớn các quy định của Luật, Nghị định, Thông tư. Với khối lượng công việc như vậy không thể tránh khỏi các vướng mắc phát sinh từ đó phải trả lời, giải đáp thắc mắc, hướng dẫn doanh nghiệp xuất nhập khẩu. Để có thể quản lý được khối lượng khổng lồ văn bản đi và đến ngành Hải quan cũng như thực hiện việc chỉ đạo điều hành nội bộ qua mạng, ngay từ năm 2003, Tổng cục Hải quan triển khai Hệ thống Net.Office cho phép quản lý công văn đi, đến cho phép tiếp nhận văn bản ở dạng giấy hoặc điện tử, chuyển hóa văn bản giấy ra dạng điện tử từ đó giúp các cấp Lãnh đạo phân luồng, phân công cán bộ xử lý văn bản, phát hành văn bản trả lời. Cơ sở dữ liệu văn bản dạng điện tử thống nhất trong toàn ngành giúp cán bộ có thể tiếp cận được nhiều thông tin, văn bản hướng dẫn từ đó góp phần thống nhất cách xử lý nghiệp vụ trong phạm vi toàn quốc.

Bốn là triển khai Cơ chế một cửa quốc gia và kết nối Cơ chế một cửa ASEAN.

Là Cơ quan thường trực, trong thời gian vừa qua, Tổng cục Hải quan đã triển khai quyết liệt các nội dung liên quan đến Cơ chế một cửa ASEAN và Cơ chế một cửa quốc gia. Đến nay, Tổng cục Hải quan đã chính thức kết nối với Bộ Công Thương, Bộ Giao thông vận tải, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Bộ Quốc phòng, Bộ Y tế, Bộ Tài nguyên và môi trường. Trên bình diện ASEAN, Tổng cục Hải quan đã hoàn thành cơ bản việc đàm phán và thực hiện các thủ tục cuối cùng để ký kết Nghị định thư về khung pháp lý thực hiện Cơ chế một cửa ASEAN và chuẩn bị điều kiện kỹ thuật đảm bảo sẵn sàng kết nối Cơ chế một cửa ASEAN vào cuối 2015. Theo đó, trong năm 2015, Hải quan Việt Nam sẽ thực hiện kết nối Cơ chế một cửa ASEAN với ít nhất 01 nước. Việc triển khai Cơ chế một cửa quốc gia và Cơ chế một cửa ASEAN là động lực quan trọng đối với cải cách thủ tục hành chính của các Bộ, ngành, hướng tới hình thành Chính phủ điện tử và hội nhập kinh tế quốc tế và khu vực sâu rộng hơn nữa. Việc thực hiện Cơ chế một cửa quốc gia mang lại nhiều lợi ích cho doanh nghiệp và cơ quan quản lý nhà nước như giảm thời gian thực hiện các thủ tục hành chính, đơn giản hóa bộ hồ sơ, tăng cường khả năng kết nối trao đổi thông tin giữa các cơ quan quản lý nhà nước, giảm chi phí thực hiện các thủ tục hành chính, tạo tiền đề để tham gia vào Cơ chế một cửa ASEAN và trao đổi thông tin điện tử với các nước theo các hiệp định song phương và đa phương.

Năm là cung cấp thông tin thống kê hải quan đầy đủ, kịp thời, ngày càng có độ tin cậy và chất lượng cao, qua đó góp phần quan trọng nâng cao hiệu quả và hiệu lực quản lý nhà nước nói chung, sự phát triển và hiện đại hóa của ngành Hải quan nói riêng.

Trong những năm qua, nhờ đẩy mạnh ứng dụng công nghệ thông tin, chất lượng số liệu thống kê hàng hoá xuất nhập khẩu, đánh giá tình hình xuất nhập khẩu… ngày càng chính xác và đáng tin cậy, phục vụ đắc lực cho công tác điều hành kinh tế vĩ mô, đặc biệt trong hoạt động kinh tế đối ngoại và chính sách thuế của Chính phủ, của các Bộ, ngành chức năng trong các năm qua. Đối với trong Ngành, số liệu thống kê hải quan về hàng hoá xuất nhập khẩu đã phục vụ tốt cho các yêu cầu của công tác nghiệp vụ trong ngành. Đối với ngoài Ngành, số liệu thống kê hải quan về hàng hoá xuất nhập khẩu được đánh giá là một trong những nguồn số liệu thống kê kinh tế vĩ mô có chất lượng tốt nhất và duy nhất trong hệ thống các chỉ tiêu thống kê quốc gia.

Nhờ những nỗ lực và cố gắng trong việc ứng dụng CNTT trong suốt thời gian vừa qua, đặc biệt là triển khai thành công Hệ thống VNACCS/VCIS đã giúp Ngành Hải quan hoàn thành sớm 1 năm đối với nhiều chỉ tiêu đặt ra trong Kế hoạch cải cách, phát triển và hiện đại hóa Hải quan giai đoạn 2011 – 2015. Những kết quả to lớn trong việc ứng dụng CNTT trong giai đoạn 2011 - 2015 đã góp phần hình thành nên diện mạo mới của Hải quan Việt Nam theo hướng hiện đại, chuyên nghiệp, minh bạch, hiệu quả, góp phần quan trọng vào cải cách thủ tục hành chính trong lĩnh vực hải quan, tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp, giảm thời gian thông quan, nâng cao năng lực quản lý nhà nước của cơ quan hải quan.

Với những kết quả đạt được trong ứng dụng CNTT nêu trên, trong thời gian vừa qua, Tổng cục Hải quan đã được Đảng, Nhà nước, Chính phủ và Bộ Tài chính ghi nhận và đánh giá cao. Cụ thể, năm 2008, Tổng cục Hải quan đạt Giải thưởng Cơ quan Trung ương ứng dụng công nghệ thông tin hiệu quả nhất tại Giải CNTT quốc gia - ICT Award (do Bộ Thông tin và Truyền thông tổ chức). Giải thưởng đã thể hiện sự ghi nhận và tôn vinh của xã hội đối với công tác ứng dụng CNTT ngành Hải quan.