Hiện các tờ khai luồng Xanh không thể mở xem trong ngày được mà sang ngày hôm sau mới có thể khai thác và xem dữ liệu thông tin của các tờ khai này. Trong khi đó, các tờ khai luồng Xanh thường xác nhận thông quan ngay. Vì thế, khi có thông tin nghi vấn hàng hóa XNK có dấu hiệu buôn lậu, gian lận thương mại rất khó cho việc ngăn chặn, bắt giữ.

Cũng tại buổi tổng kết, lãnh đạo Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh đã thông báo kết quả công tác năm 2015, theo đó chỉ tiêu pháp lệnh thu năm 2015 giao cho Hải quan TP. Hồ Chí Minh là 90.000 tỷ đồng và chỉ tiêu phấn đấu là 97.500 tỷ đồng.

Kết quả tính đến 31/12/2015 thu (thuế xuất nhập khẩu, giá trị gia tăng) được 93.960 tỷ đồng, đạt 104,40% chỉ tiêu pháp lệnh và đạt 96,37% chỉ tiêu phấn đấu, tăng 105,4% so với năm 2014 (89.167 tỷ đồng). Số thu của Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh chiếm khoảng 36% tổng số thu của toàn ngành.

Đánh giá các yếu tố làm giảm nguồn thu trong năm 2015 là do những nguyên nhân là do kim ngạch nhập khẩu 4 nhóm hàng không thuộc đối tượng chịu thuế giá trị gia tăng qua các cảng Thành phố Hồ Chí Minh ước khoảng 4.180 triệu USD, làm giảm thu khoảng 4.000 tỷ đồng.

Bên cạnh đó lượng hàng hóa nhập khẩu có xuất xứ từ các nước tham gia thành viên Hiệp định FTA (được hưởng thuế suất thấp) cũng là nguyên nhân ảnh hưởng đến nguồn thu ngân sách nhà nước.

Giá dầu thế giới liên tục giảm mạnh, nên kim ngạch cũng giảm sâu, hơn nữa thuế suất xăng, dầu giảm xuống còn từ 20% đến 10%. Tính đến ngày 31/12/2015 thu ngân sách nhà nước từ xăng dầu là 12.674 tỷ đồng (đã hoàn trừ thuế) chiếm tỷ trọng 13,5% so với số thu thực tế (93.891 tỷ đồng) giảm 1,6% so với cùng kỳ năm 2014 là 14.562 tỷ đồng.

Việc thu thuế bảo vệ môi trường chuyển sang cơ quan thuế thu khoảng 1.800 tỷ đồng.