Công ty cổ phần Gia vị Việt Nam (Bình Dương) chuyên sản xuất mặt hàng hạt tiêu sau đó bán cho các công ty trong nước chuyên kinh doanh về xuất khẩu mặt hàng nông sản, trong đó 98% lượng hàng Công ty sản xuất ra là bán cho các công ty xuất khẩu.

Công ty thu mua mặt hàng nông sản là hạt tiêu của bà con nông dân thông qua những công ty thu mua nông sản với thuế suất thuế GTGT đầu vào là “Không tính thuế GTGT” sau đó Công ty sơ chế để bán cho các công ty trong nước chuyên kinh doanh về xuất khẩu nông sản thuế suất thuế GTGT đầu ra là “Không tính thuế GTGT”.

Căn cứ Khoản 5, Điều 5, Chương I Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính quy định:“5. Doanh nghiệp, hợp tác xã nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản, hải sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho doanh nghiệp, hợp tác xã ở khâu kinh doanh thương mại không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT. Trên hóa đơn GTGT, ghi dòng giá bán là giá không có thuế GTGT, dòng thuế suất và thuế GTGT không ghi, gạch bỏ”.

Mặt khác, để phục vụ cho hoạt động sản xuất kinh doanh, Công ty phải thanh toán rất nhiều khoản chi phí mua vào có phát sinh thuế GTGT đầu vào 5%, 10%.

Như vậy, Công ty không có thuế GTGT đầu ra nhưng thuế GTGT đầu vào lại rất nhiều và lũy kế để được khấu trừ không được hoàn theo Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016.

Từ khi Thông tư số 130/2016/TT-BTC có hiệu lực thì Công ty không được hoàn số thuế GTGT đầu vào, mà chỉ được khấu trừ cho kỳ sau. Với lượng hàng và doanh thu lớn như hiện nay thì số thuế GTGT đầu vào phục vụ cho các hoạt động sản xuất của Công ty sẽ không thể khấu trừ hết cho các kỳ sau mà sẽ tăng lũy kế thành một khoản tiền lớn không thể đưa vào sản xuất kinh doanh. Điều này ảnh hưởng nghiêm trọng tới dòng tiền lưu chuyển kinh doanh, ảnh hưởng tới tính cạnh tranh khi thu mua cũng như giá bán của Công ty.

Công ty cổ phần Gia vị Việt Nam kiến nghị cơ quan chức năng tạo điều kiện cho các doanh nghiệp sản xuất ra các mặt hàng nông sản để xuất khẩu được hoàn thuế GTGT đầu vào của các dịch vụ phụ trợ phục vụ cho quá trình sản xuất, xuất bán cho các Công ty trong nước chuyên kinh doanh xuất khẩu mặt hàng nông sản.

Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại Điều 1 Luật số 106/2016/QH13 ngày 6/4/2016 của Quốc hội sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT số 13/2008/QH12 đã được sửa đổi, bổ sung một số điều theo Luật số 31/2013/QH13 quy định:

“3. Khoản 1 và Khoản 2 Điều 13 được sửa đổi, bổ sung như sau:

1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGTtheo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng hoặc trong quý thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo”.

Tại Khoản 6, Điều 1 Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 1/7/2016 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung Điều 10 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế GTGT quy định về hoàn thuế GTGT: “Điều 10. Hoàn thuế GTGT

1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trong quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo”.

Theo quy định tại Luật số 106/2016/QH13 và Nghị định số 100/2016/NĐ-CP nêu trên thì từ ngày 1/7/2016 trường hợp cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trong quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo.