Theo đó, Thông tư áp dụng cho các đối tượng là các tổ chức, cá nhân có quyền và nghĩa vụ liên quan đến việc kinh doanh, mở rộng, thu hẹp, chuyển quyền sở hữu, di chuyển, đổi tên, tạm dừng, chấm dứt hoạt động kinh doanh hàng miễn thuế, kho bãi, địa điểm; Cơ quan hải quan, công chức hải quan và các cơ quan khác của Nhà nước trong việc phối hợp quản lý nhà nước về hải quan.

Thông tư đã có hướng dẫn cụ thể về nơi làm việc của cơ quan hải quan tại các kho bãi, địa điểm được tổ chức, cá nhân kinh doanh kho bãi, địa điểm đầu tư xây dựng và phải đảm bảo các điều kiện sau:

Thứ nhất, về vị trí nơi làm việc của cơ quan hải quan phải nằm trong diện tích khu vực kho bãi, địa điểm dự kiến công nhận mới hoặc đã được công nhận hoặc nằm trong cùng một khu đất thuộc quyền sử dụng của doanh nghiệp, thuận lợi cho công tác kiểm tra, giám sát hải quan.

Thứ hai, nơi làm việc của cơ quan hải quan cần có diện tích tối thiểu 20 m², được ngăn cách với khu vực xung quanh, đảm bảo công tác kiểm tra, giám sát của cơ quan hải quan. Đối với các địa điểm tập kết, kiểm tra, giám sát hàng hóa tập trung tại các cảng biển, cảng hàng không quốc tế, cửa khẩu quốc tế, văn phòng làm việc của hải quan có diện tích tối thiểu 50 m².

Thứ ba, về  trang thiết bị cần có đầy đủ máy tính cài đặt phần mềm quản lý, kết nối hệ thống quản lý của doanh nghiệp kinh doanh kho bãi, địa điểm và kết nối với Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử của cơ quan hải quan theo quy định của Tổng cục Hải quan; Thiết bị kết nối với hệ thống ca-mê-ra giám sát của tổ chức, cá nhân kinh doanh kho bãi, địa điểm để theo dõi, lưu trữ, truy xuất và hiển thị hình ảnh tại tất cả các khu vực chứa hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, cổng ra vào kho bãi, địa điểm;

Đồng thời, nơi làm việc của cơ quan hải quan phải trang bị đầy đủ các trang thiết bị văn phòng khác như: Bàn, ghế, tủ đựng hồ sơ, điện thoại để bàn; Có hạ tầng kỹ thuật như: Nguồn điện, điện chiếu sáng, hạ tầng công nghệ thông tin đảm bảo điều kiện hoạt động

Về nơi kiểm tra hàng hóa Thông tư quy định các tổ chức, cá nhân bố trí khu vực có mái che nằm trong diện tích kho bãi, địa điểm, thuận lợi cho cơ quan hải quan trong việc thực hiện kiểm tra thực tế hàng hóa, niêm phong hải quan.

Đối với kho bãi, địa điểm có tổng diện tích từ 03 héc-ta trở lên: tổ chức, cá nhân bố trí khu vực hoạt động của máy soi container diện tích tối thiểu là 2.000 m² (40m x 50m) để đảm bảo về an toàn phóng xạ và hoạt động soi chiếu. Trong thời gian máy soi container chưa được điều động đến khu vực hoạt động thì doanh nghiệp vẫn sử dụng khu vực trên cho hoạt động khai thác, kinh doanh của kho bãi, địa điểm.

Về kho chứa tang vật vi phạm, Thông tư quy định rõ kho chứa hàng hóa tang vật vi phạm có diện tích tối thiểu 30m², tách biệt với kho chứa hàng hóa khác. Riêng địa điểm kiểm tra, giám sát tập trung hàng bưu chính và hàng chuyển phát nhanh, kho chứa hàng vi phạm có diện tích tối thiểu 10 m².

Trong trường hợp kho chứa hàng hóa tang vật vi phạm được xây dựng nằm trong kho chứa hàng hóa tại kho bãi, địa điểm dự kiến hoặc đã được công nhận phải đảm bảo chế độ niêm phong hải quan, tính nguyên trạng và phẩm chất của hàng hóa trong quá trình lưu giữ. Trong thời gian không lưu giữ tang vật vi phạm, tổ chức cá nhân được sử dụng kho tang vật vi phạm để chứa hàng hóa khác theo quy định.

Đối với kho bãi, địa điểm có quy mô lớn trên 03 héc-ta và không có kho chứa hàng hóa tang vật vi phạm: tổ chức, cá nhân bố trí khu vực bãi riêng có diện tích tối thiểu 200 m² để lưu giữ phương tiện, container chứa hàng vi phạm. Tổ chức, cá nhân được sử dụng khu vực bãi dự kiến chứa hàng vi phạm để lưu giữ, khai thác hàng hóa trọng trường hợp khu vực bãi trên không chứa hàng vi phạm.