Theo Dự thảo, mức thu lệ phí môn bài đối với tổ chức hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ có vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư trên 10 tỷ đồng là 3.000.000 đồng/năm; tổ chức có vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư từ 10 tỷ đồng trở xuống là 2.000.000 đồng/năm; chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh, đơn vị sự nghiệp, tổ chức kinh tế khác là 1.000.000 đồng/năm.

Mức thu lệ phí môn bài đối với tổ chức trên căn cứ vào vốn điều lệ ghi trong giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh, ghi trong giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp hoặc ghi trong điều lệ hợp tác xã.

Dự thảo hướng dẫn, trường hợp tổ chức không có vốn điều lệ thì căn cứ vào vốn đầu tư ghi trong giấy đề nghị đăng ký doanh nghiệp hoặc giấy chứng nhận đầu tư hoặc văn bản quyết định chủ trương đầu tư.

Đồng thời, trường hợp các tổ chức trên có thay đổi vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư thì căn cứ để xác định mức thu lệ phí môn bài là vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư của năm trước liền kề năm tính lệ phí môn bài.

Trường hợp vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư được ghi trong giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc giấy chứng nhận đăng ký đầu tư bằng ngoại tệ thì quy đổi ra tiền đồng Việt Nam để làm căn cứ xác định mức lệ phí môn bài theo tỷ giá mua vào của ngân hàng thương mại, tổ chức tín dụng nơi người nộp lệ phí môn bài mở tài khoản tại thời điểm người nộp lệ phí môn bài nộp tiền vào ngân sách nhà nước.

Dự thảo cũng hướng dẫn về mức thu lệ phí môn bài đối với cá nhân, hộ gia đình hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ. Theo đó, cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình có doanh thu trên 500 triệu đồng/năm sẽ nộp lệ phí môn bào là 1.000.000 đồng/năm.

Cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình có doanh thu trên 300 đến 500 triệu đồng/năm nộp lệ phí môn bài là 500.000 đồng/năm; cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình có doanh thu trên 100 đến 300 triệu đồng/năm là 300.000 (ba trăm ngàn) đồng/năm.

Dự thảo hướng dẫn, mức thu lệ phí môn bài đối với cá nhân trên được căn cứ vào doanh thu tính thuế thu nhập cá nhân theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập cá nhân.

Trong trường hợp cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình nêu trên có thay đổi doanh thu thì căn cứ để xác định mức thu lệ phí môn bài là doanh thu tính thuế thu nhập cá nhân của năm trước liền kề năm tính lệ phí môn bài.

Theo Dự thảo, tổ chức, cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình sản xuất, kinh doanh hoặc mới thành lập, được cấp đăng ký thuế và mã số thuế, mã số doanh nghiệp trong thời gian của 6 tháng đầu năm thì nộp mức lệ phí môn bài cả năm; nếu thành lập, được cấp đăng ký thuế và mã số thuế, mã số doanh nghiệp trong thời gian 6 tháng cuối năm thì nộp 50% mức lệ phí môn bài cả năm.

Trường hợp tổ chức, cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình sản xuất, kinh doanh nhưng không kê khai đăng ký lệ phí môn bài thì phải nộp mức lệ phí môn bài cả năm không phân biệt thời điểm phát hiện là của 6 tháng đầu năm hay 6 tháng cuối năm.

Dự thảo cũng nêu rõ, tổ chức, cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình đang sản xuất, kinh doanh và có thông báo gửi cơ quan thuế về việc tạm ngừng kinh doanh cả năm dương lịch thì không phải nộp lệ phí môn bài của năm tạm ngừng kinh doanh. Trường hợp tạm ngừng kinh doanh không trọn năm dương lịch thì vẫn phải nộp lệ phí môn bài cả năm.