Thông tư số 59/2023/TT-BTC quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí trong lĩnh vực y tế gồm: Phí thẩm định cấp tiếp nhận, nhập khẩu, xuất khẩu, xác nhận trong lĩnh vực chế phẩm diệt côn trùng, diệt khuẩn trong gia dụng và y tế; Phí thẩm định cấp giấy phép lưu hành, nhập khẩu, xuất khẩu, công bố trang thiết bị y tế; Phí thẩm định hoạt động, tiêu chuẩn, điều kiện hành nghề thuộc lĩnh vực y tế.

Thông tư này áp dụng đối với người nộp phí, tổ chức thu phí và các tổ chức, cá nhân khác có liên quan đến việc thu, nộp, quản lý và sử dụng phí trong lĩnh vực y tế.

Bộ Y tế, Bộ Quốc phòng, Bộ Công an hoặc các đơn vị thuộc Bộ Y tế, Bộ Quốc phòng, Bộ Công an được giao thực hiện các công việc thu phí và Sở Y tế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương thực hiện các công việc thu phí là tổ chức thu phí.

Về quản lý và sử dụng phí, Thông tư số 59/2023/TT-BTC quy định tổ chức thu phí là Bộ Quốc phòng, Bộ Công an hoặc các đơn vị thuộc Bộ Quốc phòng, Bộ Công an thì được để lại 80% số tiền phí thu được để trang trải chi phí cho các nội dung chi theo quy định tại Điều 5 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Phí và lệ phí. Nộp 20% số tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước theo chương, tiểu mục của Mục lục ngân sách nhà nước hiện hành. 

Đối với tổ chức thu phí là Bộ Y tế hoặc các đơn vị thuộc Bộ Y tế và Sở Y tế, tổ chức thu phí nộp toàn bộ số tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước. Nguồn chi phí trang trải cho việc thực hiện công việc và thu phí do ngân sách nhà nước bố trí trong dự toán của tổ chức thu theo chế độ, định mức chi ngân sách nhà nước. 

Trường hợp tổ chức thu phí là cơ quan nhà nước được khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí theo quy định tại khoản 1 Điều 4 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP thì được để lại 80% số tiền phí thu được để trang trải chi phí cho các nội dung chi theo quy định tại Điều 5 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP. Nộp 20% số tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước theo chương, tiểu mục của Mục lục ngân sách nhà nước hiện hành.