Theo Thông tư, cá nhân được cấp 1 mã số thuế (MST) duy nhất để sử dụng trong suốt cuộc đời của cá nhân đó. Người phụ thuộc của cá nhân được cấp MST để giảm trừ gia cảnh cho người nộp thuế TNCN.

MST cấp cho người phụ thuộc đồng thời cũng là MST của cá nhân đó khi phát sinh nghĩa vụ với ngân sách nhà nước.

MST cấp cho hộ gia đình, nhóm cá nhân, cá nhân kinh doanh là MST cấp cho cá nhân là đại diện hộ kinh doanh. Khi đại diện hộ kinh doanh chết, mất tích, mất năng lực hành vi dân sự, hộ gia đình, nhóm cá nhân, cá nhân kinh doanh được cấp MST theo MST của đại diện hộ kinh doanh mới.

Nếu hộ gia đình, nhóm cá nhân, cá nhân kinh doanh ngừng hoạt động sản xuất, kinh doanh, MST của đại diện hộ kinh doanh được sử dụng là MST của cá nhân đó.

Hộ gia đình, nhóm cá nhân, cá nhân kinh doanh khi thay đổi đại diện hộ kinh doanh phải thông báo với cơ quan thuế để cấp lại MST. Nếu đại diện hộ kinh doanh mới đã được cấp MST cá nhân thì sử dụng MST đó.

Ngoài ra, Thông tư số 95/2016/TT-BTC còn quy định cấp mã số thuế đối với một số trường hợp cụ thể như: Đối với người nộp thuế tham gia hợp đồng, hiệp định dầu khí; đối với nhà thầu, nhà thầu phụ nước ngoài đăng ký nộp thuế trực tiếp với cơ quan thuế; đối với DN, tổ chức kinh tế, tổ chức khác, cá nhân phải khấu trừ, nộp thuế thay cho nhà thầu, nhà thầu phụ nước ngoài; tổ chức, cá nhân được cơ quan thuế ủy nhiệm thu; tổ chức nộp thay cho cá nhân hợp đồng, hợp tác kinh doanh; và đối với cá nhân có thu nhập từ tiền lương, tiền công ủy quyền đăng ký thuế qua cơ quan chi trả thu nhập.

Thông tư này có hiệu lực thi hành ngày 12/8/2016.