Thông tư quy định, người nộp thuế sử dụng MST để khai thuế, nộp thuế, hoàn thuế và thực hiện các thủ tục về thuế khác đối với tất cả các nghĩa vụ phải nộp ngân sách nhà nước, kể cả trường hợp người nộp thuế sản xuất, kinh doanh tại nhiều địa bàn khác nhau.

DN, tổ chức đã được cấp MST nếu phát sinh các hoạt động sản xuất, kinh doanh mới hoặc mở rộng kinh doanh sang địa bàn tỉnh, thành phố khác nhưng không lập chi nhánh hoặc đơn vị trực thuộc hoặc có cơ sở sản xuất trực thuộc trên địa bàn khác tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, thuộc đối tượng được hạch toán khoản thu của ngân sách nhà nước theo Luật quản lý thuế, thì sử dụng MST đã cấp để khai thuế, nộp thuế với cơ quan thuế tại địa bàn nơi phát sinh hoạt động kinh doanh mới hoặc mở rộng kinh doanh.

Hộ gia đình, nhóm cá nhân, cá nhân kinh doanh có từ 2 địa điểm kinh doanh trở lên và mỗi địa điểm kinh doanh do một cơ quan thuế quản lý thì sử dụng MST đã cấp để kê khai, nộp thuế với cơ quan thuế tại địa bàn nơi có địa điểm kinh doanh.

Cá nhân đã được cấp MST cá nhân, khi phát sinh hoạt động kinh doanh, nếu cá nhân là đại diện hộ kinh doanh thì sử dụng MST của mình để kê khai, nộp thuế cho hoạt động kinh doanh và ngược lại.

Chủ DN tư nhân phải sử dụng MST cá nhân của mình để kê khai, nộp thuế và quyết toán thuế TNCN của bản thân chủ DNTN.

Nếu DN tư nhân phát sinh nghĩa vụ khấu trừ, nộp thay thuế TNCN cho các cá nhân làm việc tại DN tư nhân thì sử dụng MST của DN tư nhân để kê khai, khấu trừ, nộp thay.

Cá nhân là người phụ thuộc khi phát sinh nghĩa vụ phải nộp ngân sách nhà nước thì sử dụng MST đã được cấp cho người phụ thuộc để khai thuế, nộp thuế đối với các nghĩa vụ phát sinh phải nộp ngân sách nhà nước.

Cơ quan thuế căn cứ vào hồ sơ phát sinh nghĩa vụ thuế lần đầu, thực hiện chuyển MST của người phụ thuộc thành MST của người nộp thuế để hạch toán nghĩa vụ thuế cho người nộp thuế.